ID:dsi_16902 |
Coordinate:x:2281101-2281330 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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![]() |
exon [x_2281331_2281588_+]; CDS [x_2281331_2281588_+]; exon [x_2280949_2281100_+]; CDS [x_2280949_2281100_+]; intron [x_2281101_2281330_+]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## AGCCGGAGATTATCCGTCTCATGCAGCAGATGGGCAGCAAGGACTTCGATGTGAGTTGAATTCCTTCTTTCCACACTACATAATGCAGGAATCATAACACCTGTTTCAGTTAAAAGTATTGTTTAAATCCCAACCCAAATTCCAAATCAAGGGTTTTGAAATTGCCTAATAAGGTTCTAAGATTTTTAGGTGATTTTAAAGGCCTGGTTACATTTTTGATAATAGTTTATAGTAGTAGTTATAATTCAATTTCTTCCAACTGGTTTGCGATATCCTTCAGGCCTACATTGACATTGCCAGGAGGACTAGGACCCTGGAGATCGTTGGCCT **************************************************.....((((...........................(((((((.(((.(((.((((.(((((.((.(((((..(((((.......((((.....((((.(((.(((((((((((((((..((((((....))))))))))))))))))))).))))))).....))))......)))))...))))).)).))))).)).........)).)))))).))).))))))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M023 head |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
GSM343915 embryo |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGCCAGGAGGACTAGGACCCTGG............. | 25 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGACATTGCCAGGAGGACT....................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAGGACTGGGACCC................ | 16 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................TAATGCAGGAGTCATAA......................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCAGGACGATGACCCTGGA............ | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................TTGTTTAAAGTAGTTGTTATA....................................................................................... | 21 | 3 | 14 | 0.14 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGACTAGGACCCAGG............. | 17 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................AGCAAGGACTTCGATGCC..................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCTCGTTCGCGATATCCT...................................................... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................................GGCAGCACGGACTTCGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................AGTTGAATTCCTGCTCTCGA................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTAGGACCCTGGAGAT......... | 17 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ........................................................................................................................................................................ATAATGATCTCAGATTTTTA.............................................................................................................................................. | 20 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................CGATATCCGTCAGGCT............................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
|
TCGGCCTCTAATAGGCAGAGTACGTCGTCTACCCGTCGTTCCTGAAGCTACACTCAACTTAAGGAAGAAAGGTGTGATGTATTACGTCCTTAGTATTGTGGACAAAGTCAATTTTCATAACAAATTTAGGGTTGGGTTTAAGGTTTAGTTCCCAAAACTTTAACGGATTATTCCAAGATTCTAAAAATCCACTAAAATTTCCGGACCAATGTAAAAACTATTATCAAATATCATCATCAATATTAAGTTAAAGAAGGTTGACCAAACGCTATAGGAAGTCCGGATGTAACTGTAACGGTCCTCCTGATCCTGGGACCTCTAGCAACCGGA
**************************************************.....((((...........................(((((((.(((.(((.((((.(((((.((.(((((..(((((.......((((.....((((.(((.(((((((((((((((..((((((....))))))))))))))))))))).))))))).....))))......)))))...))))).)).))))).)).........)).)))))).))).))))))))************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M023 head |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
M053 female body |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
M025 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..................................GTCGTACCTGACGCTACACT.................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 3 | 2.00 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................TCAACTTAAGAAAGAAAGGTGTGATGTA......................................................................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................TTAGTTCCCAAAACTTTAACGGATTAT............................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................AACAAATTTAGGGTTGGGTTTAAGGT.......................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................CAACTTAAGGAAGAAAGGTGTGAT............................................................................................................................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................GGTCTAGCTCCCAACACTTTA........................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 9 | 0.67 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 |
| ..................................GTCGTTCCTGACGCTATACT.................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 3 | 0.67 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................AGGTTTAGGTCCCAAA.............................................................................................................................................................................. | 16 | 1 | 5 | 0.40 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| ............................................................AAGGTAGAGAGGTGTGAT............................................................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................GGGTTGGGTTTCAGGTTGA....................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGAGCTCTGGCAACC... | 17 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......CCTAATAGCCAGAGTAC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................................................................................................GCTATAGAGAGTCCGGTTGT........................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................GTCGTGCCTGACGCTACA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .......CTAATAGCCAGAGTA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................TTGGGTTTAAGATTTAGTTAT.................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................GTCGTACCTGATGCTACA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................AAAAATTCCGGTCCTATGTA..................................................................................................................... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .......................................................................................................................ACAAATTTAGGGCTG.................................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................GGTTGGGTTTCAGGTT......................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGGTTCTCCTGATCTTG.................. | 17 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ............AGCCAGAGTACCTCGTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 2 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................GTTGGGTTTCAGGTT......................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................GTTGGGTTTCAGGTTGA....................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | x:2281051-2281380 + | dsi_16902 | AGCCGGAGATTATCCGTCTCATGCAGCAGATGGGCAGCAAGGACTTCGATGTGAGTT----GAATTCCTTCTTT---------CCACACTACATA-------ATGCAGGAAT-----------------------------------CATAACA------CCTGTTTC---------------------------------------AGTTAAAAGTATTGTTTAAATCCCA--------------------ACCCAAATTCCAAATCAAG-----GGTTTTGAAATTGCCTAATAAGGTTCTAAGATTTTTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGTGATTTTAAAGGCCTGGTTACATTT-TTGATAATAGTTTATAGTAGTAG----------------------TTATAATTCAATTTCTTCCAACTGGTTTGCGATATCC--TTCAGGCCTACATTGACATTGCCAGGAGGACTAGGACCCTGGAGATCGTTGGCCT |
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| droKik1 | scf7180000302258:641256-641303 + | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTATATAGAGATAGCCAAGAGGACGAGGACCCTGGAGATTGTCGGCCT | |
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| droBip1 | scf7180000396434:382209-382263 + | AGCCGGAGGTAATACGCCTGATGCAGTCCATGGGCAGCAAGGACATTGATGTAAG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | XL_group3a:2178398-2178452 + | GACCTGAGGTGATCCGCCTAATGCAGCAGATGGGCAGCAAGGATATTGATGTAAG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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| droWil2 | scf2_1100000004909:12204011-12204069 + | AGCCTGAAGTGATTCAGCTAATGCAGGAAATGGGCAGCAAGGATATTGATGTAAGTC----AA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droVir3 | scaffold_12928:1551744-1551796 + | CA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTCTACATGGACATTGCGCAACGTACACGCACCCTGGAAATCATTGGACT | |
| droMoj3 | scaffold_6473:13463575-13463627 - | CA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTCTACATTGACATTGCGCAACGGACACGGACACTGGAGATCATTGGCCT | |
| droGri2 | scaffold_15203:8224704-8224753 - | AGCCCGAGGTTATACGCCTCATGCAGGAGAT------TAAGGATGTGAACGTAAGT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| dm3 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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Generated: 05/19/2015 at 05:17 AM