ID:dsi_16828 |
Coordinate:3r:3528516-3528665 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
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intergenic
No Repeatable elements found
|
CAAGTAAGTAATCAAAGGAAATGTATTCATCATGAAAGTTTTCTAGTTTTAATTCTTTTGTTAGAGCTATGATTTAACAAAATCTCTTTAGAATTTAGTTATTAATTTAAAATTGTAATACAAATTAAATTACGTTTTCACATATATTTTGTTATTTGCAGCTTATCTATTTGAGGTTTATTTTTTCTTGTTTTGTGTAGACTTTCGACAGCGCAGGCAACCCTATCCAACTGAGCTGGCACGCAACGAA
**************************************************......(((((((((.......)))))))))(((((..((((....((((..((((((((..((((...)))).))))))))........((.(((......))).)).))))..))))...))))).......................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|
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| .............................................................................................................................................................................................................................TCTATCCAACTGAGCT............. | 16 | 1 | 10 | 0.20 | 2 | 2 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................TATCCAACTGAGCAGGCCCC....... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 1 |
| .....AAGGAATCAAAGGAAAT.................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 1 | 11 | 0.09 | 1 | 1 |
| .......GTAATCAAAGGCAATG................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 13 | 0.08 | 1 | 1 |
|
GTTCATTCATTAGTTTCCTTTACATAAGTAGTACTTTCAAAAGATCAAAATTAAGAAAACAATCTCGATACTAAATTGTTTTAGAGAAATCTTAAATCAATAATTAAATTTTAACATTATGTTTAATTTAATGCAAAAGTGTATATAAAACAATAAACGTCGAATAGATAAACTCCAAATAAAAAAGAACAAAACACATCTGAAAGCTGTCGCGTCCGTTGGGATAGGTTGACTCGACCGTGCGTTGCTT
**************************************************......(((((((((.......)))))))))(((((..((((....((((..((((((((..((((...)))).))))))))........((.(((......))).)).))))..))))...))))).......................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
GSM343915 embryo |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
M023 head |
M024 male body |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..........................................................................................................................................................................................................................TTGAGATAGGTCGACTCGAC............ | 20 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................................................................................................................................................................................GGTTGACTCGATAGTGC....... | 17 | 2 | 17 | 0.24 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....................................................................................................................................................................................................................AGTCCGTTCGGATAGG...................... | 16 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..............................................................................................................................................................................................................................GATAGGTTGACTCGATGTT......... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................GATAGGTTGACTCGATG........... | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3r:3528466-3528715 - | dsi_16828 | CAAGTAAGTA--------------------------------------------------------------------ATCAA-------------AGGAAATGTATTCATCATGAAAGTTTTCTAGTTTTAATTCTTTTGTTAGAG---CTATGATTTAACAAA--ATCTCTTTAGAATTTAGTTATTAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTAAAATTGTAATA---------CAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATTA----------------------------------------------------------AATTACGTTTTCACATATATTTTGTTATTTGCAGCTT-----------ATCTATTTGA-GGT--TTA---TTTT----------------------TTCTTGTTTTGTGTAG-ACTTTCGACAGCGCAGGCAACCCTATCCAACTGAGCTGGCACGCAACGAA |
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| droRho1 | scf7180000777520:20299-20333 - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GACATCCCTATTCCAATTGAATGGCACGCAAAGAA | |
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| droKik1 | scf7180000302639:2639153-2639375 + | CAAGTGAAAT-----------------------------------------------------A----------------CAAATGTT---------------------------------------TGTCAATTCT-TTCATAAAGTAGCT-TGTTTTACTAGACTATCCCTTTAGAGTTTATTTATTTTTTAGCCCTTAATGTTCATATAATTTTATAAAAAATAAAATGAATAATATAAAATGTAAAACATTCTCCTTAATCCTTTTTTCAAGTCTAAATATTCCATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCAACCCGGCAACCCTGTCCTGCAGAGCTGACACGCAACGAA | |
| dp5 | 2:27042884-27042975 - | AAACTATGT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTCCACCAAT------------------------CTTAATCT--------GTTTCTA---TTTTCTTCCATTTTATGTATCTCCCA------------------C-TTCACAAAGGGTGGAAACTC------------------TGCAGCAAA | |
| droPer2 | scaffold_6:2329885-2330024 - | TATCGATACA------------------------------------------------------------------------------------------------------T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCTAAAAACTACTCCATAAGCTGAAATAAATATGAA---A----------------------------------------------------------AACTATGTTTTTCCACCAAT------------------------CTTAATCT--------GTTTCTA---TTTTCTTCCATTTTATGTATCTCCCA------------------C-TTCACAAAGGGTGGAAACTC------------------TGCAGCAAA |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droYak3 |
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| droEle1 |
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Generated: 05/18/2015 at 10:53 AM