ID:dsi_16337 |
Coordinate:3l:21085322-21085563 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -15.7 | -15.4 | -15.4 |
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exon [3l_21085564_21085947_+]; CDS [3l_21085564_21085947_+]; exon [3l_21085154_21085321_+]; CDS [3l_21085154_21085321_+]; intron [3l_21085322_21085563_+]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## CCAATGTGGAGCAACCAGATCTGAGCACTGCCGATCTGGACTTGCTGAAGGTAATATTAGTTCGGGCTCATGGGCACGCCGGTAGGGAAATGTTCACCACTTTTCACCATCCAAGAGTGGTGTACATAGTGCATATTATGGGATGGTTACAAGAGAATGAGGTGGCTAGGTATTGTATTCTATAAGTGTAGAAATGCATTCAATTATATAGCCTGTTTTTAGCCTTCCTGTTAAACGTAATCCTAAAATAAGTATGCAAATACATAGTAATAACCCCTTTGAACTTTTTCAGAAACTGGCCCTTGGAAACGAGTTCTACCGCTTGAAGGCCACGGTGGTGTA *******************************************************************************************************************************************************........(((.((((((((..(((((......((((((....)))))).....)))))))))......))))..)))...............************************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
M024 male body |
SRR902009 testis |
M023 head |
M025 embryo |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
O001 Testis |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR902008 ovaries |
GSM343915 embryo |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
M053 female body |
O002 Head |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................ACTTCGGGCTCATGAGCGC......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 12 | 2.33 | 28 | 28 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................CTGAGCACTGCCGATCTGGACTTGCT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 26 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................TCTGAGCACTGCCGATCTGGACTTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................ACTTCGGGCTCATGAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 1.08 | 13 | 13 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGAAACTGGCCCTTGGAAAC................................ | 22 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................GATCTGGACTTGCTGAAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTTGGAAACGAGTTCTACCGCTTGAA............... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................ATCTGAGCACTGCCGATCTGGA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................CTTCCTGTTAAACGTAATCCT.................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................CTTCCGATCGGGACTTCCTGAA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................CTGCCGATCTGGACTTGCTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............CCAGATCTGAGCACT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 15 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......TGGAGCAACCAGATCTGAGCACTGCCGA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................AGAGAATGAGGTGGCTAGGT........................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................TGCCGATCTGGACTTGCTGAAGAAAC................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 26 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .CAATGTGGAGCAACCAGATCTGT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGAAACTGGCCCTTGGA................................... | 19 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......TGGAGCAACCAGATCTGAGCACTGCC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................CGATCTGGACTTGCTGAAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..................ATCTGAGCACTGCCGATCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................ACTGCCGATCTGGACTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................TCTGAGCACTGCCGATCTGGAC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................TCTGAGCACTGCCGATCTGGACTTGC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................................GCATGACGGTAGGGAAATTTT........................................................................................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................ACACTGCCGATCCGGATTTGCT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................ACTTCGGGCTCATGAGCA.......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 4 | 0.75 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ........................ACACTGCCGATCTGAATTTGCT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................CACTGCTGATCTGGACTC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................TCACTGTCGATCTGGATTTGCT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........CAACTAGATCTGACCACT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................ACTTCGGGCTCATGAG............................................................................................................................................................................................................................................................................ | 16 | 2 | 20 | 0.45 | 9 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................CGGCCGACCTGGACTTTCTGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGGAAACGAGTTCTATCG..................... | 18 | 2 | 6 | 0.33 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| .......................................................ATTAGTGGGGGCTCATGG............................................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................GTGGATATTGCGGGATGGTT.................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 8 | 0.25 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................GATTGAGGTGGCTGGGTATTTT...................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................GATTTGAGCAATGCCGAGCTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................AATACCACTTCGGGCTCATG.............................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................TGAGGTGGCTGGGGATTGTTT.................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................ACTTCGGGCTCATGGGCGCC........................................................................................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTGCTACCGCTTGAAGAGC........... | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................GTATGGTATTCTAGAACTG.......................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 16 | 0.13 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................CTGGACTTGCTGAAGAAA................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................TTCGGGCTCATGAGCGC......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................................TAAACGTAATCTGAAAATA............................................................................................ | 19 | 2 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................ATTTCGGGCTCATGAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................GCCGAGCCGGACTTTCTGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................CTGGACTTGCTGAAGAAAC................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................ACTTCGGGCTCATGAGCAG......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................ACTTCGGGCTCATGAGGA.......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
GGTTACACCTCGTTGGTCTAGACTCGTGACGGCTAGACCTGAACGACTTCCATTATAATCAAGCCCGAGTACCCGTGCGGCCATCCCTTTACAAGTGGTGAAAAGTGGTAGGTTCTCACCACATGTATCACGTATAATACCCTACCAATGTTCTCTTACTCCACCGATCCATAACATAAGATATTCACATCTTTACGTAAGTTAATATATCGGACAAAAATCGGAAGGACAATTTGCATTAGGATTTTATTCATACGTTTATGTATCATTATTGGGGAAACTTGAAAAAGTCTTTGACCGGGAACCTTTGCTCAAGATGGCGAACTTCCGGTGCCACCACAT
**************************************************************************************************........(((.((((((((..(((((......((((((....)))))).....)))))))))......))))..)))...............******************************************************************************************************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
O002 Head |
SRR902008 ovaries |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR902009 testis |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
GSM343915 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................................................................................................................................................................................................................TCATACGTTTATGTATCAT......................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................AACCTATTCACATCTTTACGTAATT............................................................................................................................................ | 25 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............GGTAGAGACTCGTGAGGGCTA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................................................................ATCTTGAAAAAGTCTTAGAC............................................ | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TACAAGTGGTTCAAACTGGTA........................................................................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................TGAAGCCCGAGTACTCG........................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.33 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................TCAAGCCAGAGTACC............................................................................................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................TGAAGCCCGAGTACTCGCG......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 12 | 0.25 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........TCGTTGGTCTAGACTTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 17 | 2 | 20 | 0.25 | 5 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................TGGTGAAGCCCGAGTACCCG........................................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................TAGAGACTCGTGAGGGCTAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAAAACTTGAAAAAGT................................................... | 17 | 1 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................AAGCCCGAGTACTCGCG......................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGGTGTAACTAGAAAAAG.................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ............TTCGTCTAGACTCCTGA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGAAAAATCAAAAAGTCTT................................................ | 21 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................AGTGAAGCCCGAGTACTCG........................................................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................CTAGCCAGAGTACCCG........................................................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ........................................................AGTGAAGCCCGAGTAC.............................................................................................................................................................................................................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................TCACGTATAAAACCCAACGA................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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Generated: 05/18/2015 at 12:41 PM