ID:dsi_15643 |
Coordinate:2r:11480842-11480898 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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exon [2r_11480251_11481807_+]; CDS [2r_11480251_11481807_+]
No Repeatable elements found
| ############################################################################################################################################################# ACATACAGAAGATTATGCGGCGTCATGTGCTGTCTTCGCTGGCCAAATGCGTTTTTGGCTTGAACGCCGAACAGAGGAAAACGTATCCTCTGGAGGACTTTGAGCAGATGACCGAGCTGGCCTTGAATAGCCACAAACATGGCTATCTAATGAACCT **************************************************.......(((((((..((...(((((((.......)))))))..))..)))))))..************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M025 embryo |
M024 male body |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M023 head |
O002 Head |
SRR902009 testis |
GSM343915 embryo |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
M053 female body |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .............................................AATGCGTTTTTGGCTTGAACGCC......................................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................AAAACGTATCCTCTGGAGGA............................................................ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...TACAGAAGATTATGCGGCGTC..................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..ATACAGAAGATTATGCGGCGTC..................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................GGAGGACTTTGAGCAGAT................................................ | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................ACTTTGAGCAGATGACCG........................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................AGATGACCGAGCTGGCCTTG................................ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................ATGTGCTGTCTTCGCTGGCC................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................TGGAGGACTTTGAGCAGATGAC............................................. | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................AAAACGTATCCTCTGGAGGAC........................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................AAACGTATCCTCTGGAGGA............................................................ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................CATGGCTATCTAATGAACCT | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................TTGGCTTGAACCCCGAACAGAGGA............................................................................... | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................CATGAGCTGTCTTCGGT..................................................................................................................... | 17 | 2 | 8 | 0.38 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TTGAAGGCCGAAGAGGGGAAA............................................................................. | 21 | 3 | 6 | 0.33 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| .......................CATGAGCTGTCTTCGGTA.................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.30 | 6 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................CATGAGCTGTCTTCGC...................................................................................................................... | 16 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................TATCCTCTGGATGAC........................................................... | 15 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................CATGAGCTGTCTTCGAT..................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................GCCACAAACATCGCTGTCTAATGA.... | 24 | 2 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................GCCACAAACATGGCTGTCTAATGAGA.. | 26 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................GCTACAAACATCGCTATCTAATGA.... | 24 | 2 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .......................CATGAGCTGTCTTCGGTGC................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................TGGCTGTAACGCCGAA...................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................CGTATCCTGAGTAGGACT.......................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
TGTATGTCTTCTAATACGCCGCAGTACACGACAGAAGCGACCGGTTTACGCAAAAACCGAACTTGCGGCTTGTCTCCTTTTGCATAGGAGACCTCCTGAAACTCGTCTACTGGCTCGACCGGAACTTATCGGTGTTTGTACCGATAGATTACTTGGA
**************************************************.......(((((((..((...(((((((.......)))))))..))..)))))))..************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR902009 testis |
M023 head |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................AGTACTCGACAGAAG........................................................................................................................ | 15 | 1 | 8 | 3.25 | 26 | 26 | 0 | 0 | 0 |
| .....GTCTTCTAGTACGCCGCAGTA................................................................................................................................... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................................................GAACTTGCGGCTTGTCTCCTTT............................................................................. | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................CGGCTTGTCTCCTTTTGCATA....................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............ACGCCGCAGTACACGAGAGAA......................................................................................................................... | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ................CGCGGGAGTACTCGACAGAAG........................................................................................................................ | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................AAGTACTCGACAGAAG........................................................................................................................ | 16 | 2 | 20 | 0.25 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................CAACTGGCTCGACAGGAA................................. | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................AGTACTCGACAGAAGC....................................................................................................................... | 16 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................CGGAGTACTCGACAGAAGCC...................................................................................................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................CTGACTCGACCGGAA................................. | 15 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................GTACTCGACAGAAGCCA..................................................................................................................... | 17 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................AGTACTCGACAGAAGCT...................................................................................................................... | 17 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................CGGCTTGACTCCTTT............................................................................. | 15 | 1 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ............................................................................................................................................CCGCTAGATTCCTTGG. | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................CGCCGCGGTACATGACGGA.......................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 2r:11480792-11480948 + | dsi_15643 | ACATACAGAAGATTATGCGGCGTCATGTGCTGTCTTCGCTGGCCAAATGCGTTTTTGGCTTGAACGCCGAACAGAGGAAAACGTATCCTCTGGAGGACTTTGAGCAGATGACCGAGCTGGCCTTGAATAGCCACAAACATGGCTATCTAATGAACCT |
| droSec2 | scaffold_1:8301150-8301306 + | ACATACAGAAGATCATGCGGCGTCATGTGTTATCTTCCCTGGCCAAATGCGTTTTTGGCTTGAATGCCGAACAGAGGAAAACGTATCCTCTGGAGGACTTTGAGCAGATGACCGAGCTGGCCTTGAACAGCCACAAACATGGCTATCTAATGAACCT | |
| dm3 | chr2R:10787541-10787697 + | ACATACAAAAGATTATGAGGCGTTATGTGCTGTCTTCGTTGGCCAAATGCGTTTTTGGTTTGAATGCCGAACAGAGGAAAACGTATCCTCTGGAGGATTTTGAGCAGATGACCGAGCTGGCCTTGAATAGCCACAAACATGGCTACCTAATGAACCT | |
| droEre2 | scaffold_4845:15065057-15065213 - | ACATACAGAAGATCATGCGGCGCTATGTGCTGTCTTCCCTGGCCAAGTGCGTTTTTGGCTTGAATGCCGAACAGCGGATAACGTATCCCCTGGAGGACTTCGAGCAGATGACCGAGCTGGCCCTGAATAGCCACAAACACGGCTACCTCATGAACCT | |
| droYak3 | 2R:10716965-10717121 + | ACATACAGAAGATCATGCGGCGCTATGTGCTCTCTTCCCTGGCCAAATGCGTTTTTGGCTTGAATGCCGAACAGAGGAAAACGTTTCCGCTGGAGGACTTTGAGCAGATGACCGAGCTGGCCTTGAATAGCCACAAACATGGCTACCTAATGAACCT | |
| droEug1 | scf7180000409462:368875-369031 - | ACATTCAGAAGATTATGCGACGCTATGTTTTGTCTGCCCTGGCGAAATGTGTTTTTGGTTTGGATGCCCAGCAGAGGTTGTCGTATCCATTAGATGGTTTCGAGCAGATGACTGAAATGGCCTTGAATAGTCATAAACATGGCTACCTAATGAACCT | |
| droBia1 | scf7180000302292:918308-918464 + | ACATACAGAAGATCATGAGGCGCTACGTGCTGTCTGCCCTGGCCAAGTGCGTCTTCGGCCTGGATGCCCAGCAGCGGTTGTCGTATCCCCTGGACGACTTCGAGCAGATGACCGAGCTGGCCTTGAGTAGCCACAAGCATGGCTACCTAATGAACCT | |
| droTak1 | scf7180000415260:131827-131983 - | ACATCCAGAAGATCATGAGGCGTTACGTCCTCTCGGCCCTGGCCAACTGCGTTTTTGGCCTGGACGCCCAGCAGAGGCTATCGTATCCCCTAGAGGATTTCGAGCAAATGACCGAGCTGGCCCTGAATAGCCACAAACATGGCTACCTAATGAATCT | |
| droEle1 | scf7180000491214:3621726-3621882 + | ACATCCAGAAGATCATGCGGCGTTATGTCCTCTCGGCCCTGGCCAAATGCGTTTTTGGCTTGGATGCCCAGCAGAGGTTGACCTTTCCCCTGGACGACTTTGAGCAGATGACGGAGTTGGCCTTGAATAGCCATAAGCATGGCTACCTCATGAACCT | |
| droRho1 | scf7180000777223:25785-25941 + | ACATCCAGAAGATCATGAGGCGTTATGTCCTCTCTGCCCTGGCCAAGTGTGTTTTTGGCTTGGATGCCCAGCAGAGGTTAACATATCCATTGGAGGACTTTGAGCAGATGACGGAAATGGCCTTGAATAGCCATAAACATGGCTACCTAATGAACCT | |
| droFic1 | scf7180000453809:483861-484017 + | ATATCCAGAAGATCATGAGGCGTTATGTCTTGTCTTCCCTGGCTAAATGTGTTTTTGGTTTGGATGCCGAGCAGAGGAAAACATTTCCCTTGGACGACTTTGAGCAGATGACGGAGATGGCTTTGAATAGCCATAAACATGGTTACCTCATGAACCT | |
| droKik1 | scf7180000302367:352173-352329 - | ATATCCAGAAGATCATGCGGCGCTATGTCCTGTCAGCCCTGGCCAAGTCGGTTTTTGGCCTGGATACGCAGCAGAGACTCAAGTATCCCTTGGAGGACTTTGAGCAGATGACAGAGATGGCCCTGAATAGCTACAAGCATGGCTATCTTATGAACCT | |
| droAna3 | scaffold_13266:2535793-2535949 - | ACATCCAGAAGATCATGCGAAGATACATCCTATCCGCTCTGGCCAAGTGTGTCTTCGGGTTGGACGCCCAGCAGAGGCACAAGTATCCGTTTGAAACCTTCGAGCAAATGACGGAAATGGCTCTGAATAGTCACAAACACGGTTACTTAATGAACCT | |
| droBip1 | scf7180000396759:1589906-1590062 - | ACATCCAGAAGATCATGCGGCGGTACGTCCTCTCTGCTCTCGCTAAGTGTGTCTTCGGGTTGGACGCCCAGCAGAGGCTCAAGTATCCCTTCGAAACGTTCGAACAAATGACGGAGATGGCCCTGAATAGTCACAAACACGGTTACCTCATGAACCT | |
| dp5 | 3:13278321-13278477 + | ACATACAGAAACTGATGCGGCGATATGTGCTGTCGGCTCTGGCCAAGTGCGTCTTTGGCCTGGATGCCCAGCAGCGGCTGAAGTACTCCCTGGAGGACTTTGAGAAAATGACTGAGATGGCCGTGAGCAGTCACAAGCACGGCTATTTGATGAATCT | |
| droPer2 | scaffold_2:8343869-8344025 - | ACATACAGAAACTGATGCGGCGATATGTGCTGTCGGCTCTGGCCAAGTGCGTCTTTGGCCTGGATGCCCAGCAGCGGCTGAAGTACTCCCTGGAGGACTTTGAGAAAATGACTGAGATGGCCGTGAGCAGTCACAAGCACGGCTATTTGATGAATCT | |
| droWil2 | scf2_1100000004513:2978200-2978356 - | ATATACAAAAACTAATGAGACGCTACATCCTATCGGCATTGGGGAATTGTGTTTTCGGCTTGGATGCCCAGCAGCGGCAGAAATACGATCTGGATCAATTCGAACAAATGACAGAATTGGCATTGAGTAAACGTAAACATGGCTATCTAATGAACCT | |
| droVir3 | scaffold_12875:9629100-9629256 + | ACATACAGAAATTAATGCGACGCTATGTGCTGTCCGCCCTGGCCAGCTGTGTGTTTGGCCTGAACGCCGAGCAGCGCCAAAAATACCCATTGGATGAGTTTGAGCAGATGACGGAGCTGGCGCTGAGCACCCGTAAGCATGGCTATCTGATGAATCT | |
| droMoj3 | scaffold_6496:17469246-17469402 - | ACATACAGAAGCTAATGCGACGCTACGTGCTCTCGGCCCTGGCCAGCTGTGTGTTCGGCGTGAACGCCGAGCAGCGGCAGAAGTACTCGCTGGACGAGTTTGAGCAGATGACGGAGCTGGCGCTGAGCACACGCAAGCACGGCTATCTGATGAATCT | |
| droGri2 | scaffold_15245:2839590-2839746 + | ACATACAGAAGCTAATGCGACGATATGTTATATCCGCCCTGGCCAGTTGTGTGTTTGGTGTGAATGCCGAACAGCGACAGAAATACTCCATGGATGAGTTTGAGCGGATGACAGAGTTGGTGTTGAGCACAAAGAAGCATGGCTATCTAATGAATCT |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droTak1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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| droFic1 |
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| droKik1 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| dp5 |
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