ID:dsi_15032 |
Coordinate:x:857410-857541 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -8.9 | -8.7 | -8.7 |
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intergenic
No Repeatable elements found
|
AAATGCTCAATATCCTTGGGGCTGACAAAATCTACTTCTACAATCTTCAGGTAATATTGTAATGCACATGTTCCCACTAAAAATTACTTCCAAATGGCTCAAGAATATCCATTGAAACAGTTGCTCAGCAAACTGATAATTAATAGTCAATCCACACTCATCATACCCCTATCCCTCGACAGGTCCATCCCAACATCACCAAAGTGCTCAATCACTACGAACAGGAGGGCAA
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|
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**************************************************...(((((.....((.(((........................))))).....)))))..(((((...(((((.((((....))))))))).....)))))...............................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR902008 ovaries |
M053 female body |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
M024 male body |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
M023 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...ACGAGTGATAGTAACCGCG.................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................ACAGAGTGCTGTCCAGG.............................................. | 17 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| droSim2 | x:857360-857591 - | dsi_15032 | AAATGCTCAATATCCTTGGGGCTGACAAAATCTACTTCTACAATCTTCAGGTAATATTGTAATGC-A--------------------------CATGT-------TCCCACTAAAAAT-------------------------------------------------------------TACTT---CCAAATGGCTCAAGAATATCCATTGA----------------------------------------------------------------------------------------------------------AACAGTT--GC------TCAGCA---AACTGATAATTAATAGTCAATCCACA-----------------------------CTC-----------------ATCATACC---------CCT-ATCCCTCGACAGGTCCATCCCAACATCACCAAAGTGCTCAATCACTACGAACAGGAGGGCAA |
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| dm3 | chrX:970284-970515 - | AAATGCTCAATATCCTTGGGGCGGACAAAATCTACTTCTACAATCTTCAGGTAATATTGTAATGC-A--------------------------CATGT-------ACTCACAAAAGTC-------------------------------------------------------------TACTT---CCAAATGGCTCAAGAATATCCATTGG----------------------------------------------------------------------------------------------------------AACAATT--GC------TCAGCA---AACTGATATTCAATAGCCAATCCACA-----------------------------CTC-----------------ATCGTTCA---------CCT-ATCCCTCGACAGGTCCATCCCAACATCACCAAAGTGCTCAATCACTACGAACAGGAGGGCAA | |
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| droYak3 | X:878740-878943 - | AAATGCTCAACATCCTGGGAGCGGACAAGATCTACTTCTACAATCTTCAGGTAATATTGCTATAC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAC--ATTCCA-----CTCAATAATATCCATTGC----------------------------------------------------------------------------------------------------------CACAGTT--GC------TCAGCC---AACTGGCATTCAATAGTCAG----CA-----------------------------CTC-----------------ATCGTTTC---------CCT-AT-TCTCGACAGGTGCATCCCAACATCACCAAGGTGCTCAGTCACTACGAACAGGAGGGCAA | |
| droEug1 | scf7180000408973:386854-387094 + | AAATGCTGAATATTCTGGGGGCCGACAAGATATACTTCTACAATCTGCAGGTAAGATAGTAATAACAAAAAGTCTGTAGCTTATC-------------------------------GA-------------------------------------------------------------TACTA---CAGAATCGAGC------------AGA----------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGAGCA--CA------TCAGCC---ATCGTTTAATCTAAA-TTAATCTACA-----------------------------CTACGCCACTCGAAAATGTA------TTCTTC-T-TTTGCAATTTTTCTTTAGGTCCACCCCAACATCACAAAGGTGCTCAACCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droBia1 | scf7180000302069:662193-662396 - | AGATGCTCAATATCCTGGGGGCCGACAAGATCTACTTCTATAATCTGCAGGTAATTTAGCAATAGCA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATATTAATTGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------ACGCGTAAACCCTGCTCTCATGTAGTGACCAATATTCACTAATAAATC----------------------------------TC-----------------ATC------TCGCTTTATCT-ATCCCTTGCCAGGTCCACCCCAACATCACCAAGGTGCTGAACCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droTak1 | scf7180000415704:502195-502255 + | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCCTTTACAGGTCCATCCCAACATCACCAAAGTGCTGAACCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droEle1 | scf7180000491043:534961-535026 + | C----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCT-TCCCGTTCACAGGTGCATCCCAACATCACGAAGGTTCTGAACCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droRho1 | scf7180000779976:258352-258561 + | AGATGCTCAATATACTGGGGGCTGACAAGATCTACTTCTACAATCTGCAGGTAATGTGGTAAAAGTAGTAAT-------------CAAAACCACTTGTTGCATCCTTCCATTT-----TAAATGC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCAGAT---AA--GAC------------ATCCACA-----------------------------GTGCGCCACTCTAATACGCT------TTC------------TCCCTTCCGCAGGTCCACCCCAACATCACCAAGGTGCTCAATCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droFic1 | scf7180000454072:2152995-2153216 + | AGATGCTCAACATCCTGGGCGCCGACAAGATCTACTTCTATAATCTCCAGGTAAGGAG----AAG-------------------------------------CCCGCCCAACC-----CAAATGCTAACAGATAAATGCAAACAGATACTTCCCTCTTACTGATAACACTTTATAATTC-----ATTTCA-----TTCAAT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAATG----------------------------------TT-----------------------TTCTGG-----TTT-ATCC-CGTGCAGGTCCATCCCAACATTACGAAGGTGCTCAACCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droKik1 | scf7180000301810:83857-83932 - | TCTTACCC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTTTTACCCCACTTTCAGGTCCATCCCAACATCACCAAGGTATTGAATCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droAna3 | scaffold_12929:754655-754707 - | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGGTCCATCCCAACATCACCAAGGTACTCAACCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droBip1 | scf7180000394781:13363-13693 - | AGATGCTGAATATCCTGGGGGCCGACAAGATCTACTTCTACAACCTGCAGGTGAGAAC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCCT---CCTCCTCTTTCAAGAACCTCCATGAATATTAAGTCTTTTAAAGGTTAAATATTTGTTTAATTTTTATTCATATTTTTAAACTTAAAAATTACAATATTAGAAGCTTCAATTAATATCCTTTTGAGGTTAAGTTCCAATC--CTTTGATTCCTGCA---A------------TAA--AACAGAAACATAAATATTAGAATTAAATATTAATATTGTT-----------------ATTATC-----------CCC-CCTTGCCACCAGGTACATCCCAACATCACCAAGGTACTTAACCATTACGAGCAAGAGGGCAA | |
| dp5 | XL_group1a:5179194-5179246 + | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGGTCCACCCGAACATCACCAAGGTCCTCAGCCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droPer2 | scaffold_11:1763410-1763462 + | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGGTCCACCCGAACATCACCAAGGTCCTCAGCCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droWil2 | scf2_1100000004590:1224696-1224752 - | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTGCAAGTACATCCGAATATTACAAAAGTTCTCAATCATTATGAGCAGGAGGGCAA | |
| droVir3 | scaffold_12325:27068-27119 + | AGCTGATGCGTCTGCTTGGCGCCGGCAAGGTGGTCTTCTACGATGCTCAGAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droMoj3 | scaffold_6473:6906374-6906430 - | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTGCAAGTGCATCCCAATATTACCAAGGTGCTCAGCCACTACGAGCAGGAGGGCAA | |
| droGri2 | scaffold_15203:7924008-7924064 + | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTGCAGGTCCATCCGAATATCACCAAGGTACTTAGCCATTATGAGCAGGAGGGCAA |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Generated: 05/19/2015 at 05:27 AM