ID:dsi_14863 |
Coordinate:3r:12816246-12816395 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -16.7 | -16.7 | -16.7 |
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exon [3r_12814376_12816245_+]; CDS [3r_12814376_12816245_+]; intron [3r_12816246_12817173_+]
No Repeatable elements found
| ##################################################-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CGACAGTCGCAGCTACATCCCGATGGGCCGCGTTTCCACCAGTTCCGCAAGTGAGTAGTCCAACCATCCATTCGGTCATTGTGTAGACTGTATAGCTCGTGCTTGATTTAAGTAGCTCTTTTAAGACAATTTATATCTGCCCCACAGAAATTCGCTCTGTTTTTGTCAGTTTTCCACGAAAAGTTCAAGTGTTTAAATGTTTGGCTTAAACTTTTCCCCACATTCTTTTACCACTGAGTTTTTGAGAAGT ******************************************************************************(((((.((((((...(((....))).(((.(((((...(((....)))..))))).)))......((((((((.......))))))))))))))..)))))....******************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
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M053 female body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............................................................................TGTGCAGGCTGTACAGCTCGTGCTT.................................................................................................................................................. | 25 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................AGCTCGTGCTTGATTTAAGTA........................................................................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................................................................................................................TTGTCAGTTTTCCACGAAAAG................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................GTCAGTTTTCCACGAAAGGTTCAA.............................................................. | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| .....................................................................................................................................................ATTCGCTCTGTTTTTGTC................................................................................... | 18 | 0 | 3 | 0.67 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 |
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|
GCTGTCAGCGTCGATGTAGGGCTACCCGGCGCAAAGGTGGTCAAGGCGTTCACTCATCAGGTTGGTAGGTAAGCCAGTAACACATCTGACATATCGAGCACGAACTAAATTCATCGAGAAAATTCTGTTAAATATAGACGGGGTGTCTTTAAGCGAGACAAAAACAGTCAAAAGGTGCTTTTCAAGTTCACAAATTTACAAACCGAATTTGAAAAGGGGTGTAAGAAAATGGTGACTCAAAAACTCTTCA
*******************************************************************(((((.((((((...(((....))).(((.(((((...(((....)))..))))).)))......((((((((.......))))))))))))))..)))))....****************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
M025 embryo |
SRR902008 ovaries |
M023 head |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR902009 testis |
M024 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .............................CGCAAAGGTGGTCAAGGCGTTCACTCAT................................................................................................................................................................................................. | 28 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................................................................................................................................................................TCAAAACGTGCTTTCCGAGTTCA............................................................ | 23 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .........................................................CAGGTTGGTAGGTAAGCCAGTAACACAT..................................................................................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........TCGATGTAGGGCTACCCGGCGC.......................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................TCAGGTTGGTAGGTAAGCCAG............................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .........................................................................................................................................................CGAGACAAAAACAGTCAAAAGGTGCTT...................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................CAAAAACAGTCAAAAGGTGCTTTTCA.................................................................. | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................GCAAAGGTGGTCAAGGCGTTC....................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................CACTCATCAGGTTGGTAGGTA................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................CGGCGCAAAGGTGGTCAAGGC........................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................TGGTCAAGGCGTTCACTCATC................................................................................................................................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................TGGTCAAGGCGTTCACTCATCAGGT............................................................................................................................................................................................ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................CAAGGCGTTCACTCATCAGGTT........................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................GGGTTGACTCATCAGGTTCGT........................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................ACACCTCAGGTTGGTAAGTAA.................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................CCACCAGGTTGGTAAGTAAG................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 6 | 0.33 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................ATGGTGACTCGATAACTCCT.. | 20 | 3 | 7 | 0.29 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................TTATCAGGTTGGTAAGTAAGG................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................TGGTGTCCTTAAGCGAGATA.......................................................................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................CTAAGCAGGTTGGTAAGTAAG................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................AAAAAGGGTGTAAGAGAAT.................... | 19 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................AACGTGCTTTCCGAGTTCAC........................................................... | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................TTTGGTAGGTTAGCCA.............................................................................................................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................GAATTTGATAAGGGGT.............................. | 16 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................................................................ATGGTGCCTCAAAAA....... | 15 | 1 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..TGGCTGCGTCGATGTAGGGG.................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................GGTGACTCAAAACCT..... | 15 | 1 | 13 | 0.08 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .....CAGACTCGATGTAGGGC.................................................................................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................GTATGTATGCCAGTAAC......................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................ATCAGGTTGGTGGGT.................................................................................................................................................................................... | 15 | 1 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................TTGGTAGGTTAGCCAT............................................................................................................................................................................. | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3r:12816196-12816445 + | dsi_14863 | CGACAGTCGCAGCTACATCCCGATGGGCCGCGTTTCCACCAGTTCCGCAAGTGAGTAGTC--------------CAACCATCCATTCGGTCATTGTGTA--GACTGT-----ATAGCTCGTGCTTGATTTAAGTAGCTCTTTTAAGACAATTTA---TATCTGCCCCACAGAAATTCGCTCTGTTTTT---GTCAGTTTTCCACGAAAAGTTCAAGTGTTTAAA-TGTTTGGCTTAAA-----------------------------------------------CTTTTCCC-CACAT-T--CTTTTACCAC--TGAGTTTTTG--------AG--------------------------AAGT |
| droSec2 | scaffold_0:13643880-13644129 + | CGACAGTCGCAGCTACATCCCGATGGGCCGCGTTTCCACCAGTTCCGCAAGTGAGTAGTC--------------CAACCATCCATTCGGTCATTGTGTA--GACTGT-----ATAGCTCGTGCTTGATTTAAGTAGCTCTTTTAAGACAATTTA---TATCTGCCCCAGAGAAATTCGCTCTGTTTTT---GTCAGTTTTCCACGAATAGTTCAAGTGTTTAAA-TGTTTGGCTTAAA-----------------------------------------------CTTTTCCT-CACAT-T--CTTTTACCAC--TGAGTTTTTG--------AG--------------------------AAGT | |
| dm3 | chr3R:8341978-8342221 - | CGACAGTCGCAGCTACATCCCGATGGGCCGCGTTTCCACCAGTTCCGCAAGTGAGTAGTC--------------AT-----CCATTTGGTCATTGTGTA--GACTGT-----ATAGCTCGTGCTTGATTTAAGTAGCTCTTTTAAGACAATTTA---TATCTGCCCCAGAGAAATTCGTTCTGTTTTT---GTCAGTTTTCCACGAAAAGTTCAAGTGTTTCAA-TGTTTGACTT-AA-----------------------------------------------CTTTTTCG-CACAT-T--CTTTTGTCCT--TGTTTTTTTG--------AG--------------------------GAGT | |
| droEre2 | scaffold_4770:13310408-13310649 + | CGACAGTCGCAGCTACATCCCGATGGGCCGCGTTTCCACCAGTTCCGCAAGTGAGTAGTC--------------A---------TCTGGTCATTGTGTA--GACTGT-------AGCTCCTGCTTAATTTAAGTAGCTCTATTAGGACCATTTACTATATCTGCCCCTTCGAAATTCGCACTGTTTTT---GTCAGTTTTCCACGAGAATTTCAAGTCATACAA-TGGTTGCCTTAAA-----------------------------------------------ATATAGCT-CACAA-T--CTTCTGCTGT--TCTGTTTTTA--------CG--------------------------GAGT | |
| droYak3 | 3R:12626163-12626444 - | CGACAGTCGCAGCTACATCCCGATGGGCCGCGTTTCCACCAGTTCCGCAAGTGAGTAGTC--------------A---------TCTGGTCATTGTGTA--GACTGTATATTATAGCTCCTGCTTGATTTAAGTAGCTCTCTTAGGACAATTTA---TATCTGCCCCTATGAAATTCGCTCTGTTTTT---GTCAGTTTTCCACGAAAAGTTCAAGTGATTCAA-TTTTTGCCTACGGCTCGAATTCCTTTGTTAAATTTGGTTTTTTATTTAATACGTATTATATTATATACACAATTTT------------------TTTTTA--------AG-------------------------AAAGT | |
| droEug1 | scf7180000409615:552188-552457 - | TGACAGTCGCAGCTACATCCCCATGGGCCGGGTCTCCACCAGTTCAGCAAGTGAGTAGTC--------------CG------------GTTATTGTGTA--GACTGT----TGAAGTTCGTGCCTGGATTAAGTAGCTCTTTTAGGACAATTTA---TTTCTGCCTTTTCGAAATTCGCTCTCTTTTT---GTCAATTTTCCACTGGAAGTTCAAGAGATTCAAATGTTTTAT-A-AA-----------------------------------------------ATTATTAC-CAAAT-T--CTTTTTT-ATAATGTACTTATG--A-GCTAAAATTAATTTTTTTTTACTTTTTGATTTATGT | |
| droBia1 | scf7180000302402:13379-13582 - | CGACAGTCGCAGCTACATCCCCATGGGCCGCGTTTCCACCAGCTCAGCAAGTGAGTAGAG--------------CG------------GCTATTGTGTA--GACTGT----TGCAGTTCGTGCCTG-ATTAAGTAGCTCGTTTAAGACGATTTA---TGTCCGTATCCTCGAAATTCGCTCTGTTTTT---GGCAGTTTACTACCGGAAATTAAACTGATACAAGTGGTTTCTTTGAA-----------------------------------------------ATATT--------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415366:220051-220279 + | CGACAGTCGCAGCTACATCCCCATGGGCCGCGTTTCCACGAGTTCAGCAAGTGAGTAGTC--------------CGGCTTT---TGTGGTTATCGTGTA--GACTGT----TGCAGTTCGTGCCTGGATTAAGTAGCTCGTTTAAGACAATTTA---CTTCTGCCTCTACGAAATTCGCTCTCTTTTT---GTCTATTTACTGCCATAAATGCAAGTGATTTAAGGGGCTTCTTTAAA-----------------------------------------------CTATTTAC-CAATTTT--CTTCT--------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000490994:9684-9889 - | CGACAGTCGCAGCTACATTCCCATGGGTCGCGTGTCCACCAGTTCGGCAAGTGAGTAGCC--------------CG--TTTATTGTG---TATGGTGTA--GACTGC----TGCAGTTCGTGCCTGGATTAAGTAGCTCTT------------------TCTGCTTTTTAGAAATTCGATCTTTTCTT---GACAATTTACCACCAGAAGTTAAAGTTACTTGAACGCTTTATAAAAA-----------------------------------------------CTCA-------------------------------TATCG--------AG--------------------------AA-C | |
| droRho1 | scf7180000779239:17611-17837 - | CGACAGTCGCAGCTACATCCCCATGGGCCGCGTTTCCACCAGTTCAGCAAGTGAGTAGTC--------------CG------------GTTATTGTGTA--GACTGT----TGCAGTTCGTGCCTGGATTAAGTGTCTCTTTTAAGACAATTTG---TTTCTGCCTTCTTGAAACTCGCTCTGTTTTT---GTCAATTTACTGTCAAAAGTAGAAATCTTTGAAGCGTTTAACTTTAA-----------------------------------------------CCATTTCT-CAATT-T--GTTT---------GTGTTTT----------------------------------------AT | |
| droFic1 | scf7180000453812:780561-780815 + | CGACAGTCGGAGCTACATTCCCATGGGCCGCGTCTCCACCAGTTCAGCAAGTGAGTAGCGGTAGTCCGGTA---G---------TCCGGTTGGTGTGTA--GACTGT----GCCAGTTCGTGCCTGGATTAGGTGTCTCTCCTAGGACGACCTT---CTTCCGACCCTTCGGAGCTCGCCCTGTTTTTTTGGTCAATTGTCCTTTTGGAGTTAAA--------A-CGTTTCATTTAAA-----------------------------------------------CCATTTTT-AAATT-C--CTTGTGCAAA--AAAGTGCTTGAAA-GCCAAG--------------------------AAGC | |
| droKik1 | scf7180000302256:729923-730119 + | CGACAGTCGCAGCTACATTCCCATGGGCCGTGTGTCCACGAGTTCAGCAAGTGAGTAGCA--------------AG------------GATAATGTGTATAGATACT----AACATATTGCGTAGAGAACAGGTATCTCTTAG-AAATAAATAG---CCTCTGCGTTTGGGAAATTCGTGGTATTTTC---TAAAGATTTTCC--------------------------------------------------------------------------------------------A--T-TTTAATATGTAA--------CTTTAAAAGGCCACT----------------------------AA | |
| droAna3 | scaffold_12911:3273830-3273886 - | CGATAGTCGGAGCTATATCCCCATGGGCCGCGTGTCCACCAGTTCAGCAAGTGAGTA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396640:138204-138264 - | CGATAGTCGCAGCTATATCCCCATGGGTCGCGTGTCCACCAGTTCAGCAAGTGAGTACTT--------------C-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | 2:2448517-2448603 - | CGACAGTCGCAGCTACATTCCCATGGGTCGCGTCTCTACCAGTTCTGCAAGTGAGTAGAG--------------CCCCCCTTCCATATATGATTGAGTA--GA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_7:2617249-2617335 - | CGACAGTCGCAGCTACATTCCCATGGGTCGCGTCTCTACCAGTTCTGCAAGTGAGTAGAG--------------CCCCCCTTCCATATATGATTGAGTA--GA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004943:2137919-2137975 - | CGACAGTCGCAGCTACATACCAATGGGTCGCGTCTCCACCAGCTCGGCAAGTATGTA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droVir3 | scaffold_12855:630611-630666 + | CGACAGTCGCAGCTACATTCCTATGGGTCGCGTCTCCACCAGCTCGGCAAGTAAGT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droMoj3 | scaffold_6540:12340356-12340436 - | CGACAGTCGCAGCTACATACCCATGGGACGTGTCTCCACCAGCTCGGCAAGTAAGTACGGGC-------CAGCCCAGCCCA------------------------------------------------------------------------------TCCACCC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_14906:1738416-1738472 + | TGACAGTCACAGCTACATACCTATGGGACGCGTCTCCACCAGCTCGGCAAGTAAGTA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Generated: 05/18/2015 at 07:42 PM