ID:dsi_14144 |
Coordinate:3l:2971306-2971358 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
![]() |
intergenic
No Repeatable elements found
|
CAAGAATAAGTTGCTCGATGCCCGCCGTTTGGCCGCTCAGTTCCGGGATGGTGAGGATTTTATTCCTTCCATAACTGATGATTTAACAGACAATCCTCATTAGCGTTACGTGGGGTCAAACGCGATCTCATGGTGATTCTAACCTCGGAATGC
**************************************************(((((((((..........(((.....)))...........)))))))))...************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................................TTCCGGGATGGTGAGGATTTTATT......................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 |
| ................................................................................ATTTATCAGACAATC.......................................................... | 15 | 1 | 16 | 0.06 | 1 | 1 | 0 |
| ...........................................GGGGATCGTGAAGATTTTA........................................................................................... | 19 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 1 |
|
GTTCTTATTCAACGAGCTACGGGCGGCAAACCGGCGAGTCAAGGCCCTACCACTCCTAAAATAAGGAAGGTATTGACTACTAAATTGTCTGTTAGGAGTAATCGCAATGCACCCCAGTTTGCGCTAGAGTACCACTAAGATTGGAGCCTTACG
**************************************************(((((((((..........(((.....)))...........)))))))))...************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR618934 dsim w501 ovaries |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................................................CTAAGCTTGGAGCCTTA.. | 17 | 1 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................TCCTAAGCTTGGAGCCTTAC. | 20 | 3 | 3 | 0.67 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................TAAGCTTGGAGCCTTA.. | 16 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................AAGCTTGGAGCCTTACG | 17 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................TAAGCTTGGACCCTTACG | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................AAGTGTCTGTTAGGA........................................................ | 15 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................GCTTGGAGCCTTACG | 15 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................TCCTAAGCTTGGAGCCTTA.. | 19 | 3 | 11 | 0.18 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................ATGTTGGGAGTAATCGC................................................ | 17 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................AAGCTTGGGGCCTTACG | 17 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...............................................................................................................CCTCAGCTTTCGCTAGAGT....................... | 19 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................AAAGTAAGGAAGGTA................................................................................. | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ......................................................................................................................TTGAGCCAGAGTACCA................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................TTGAGCCAGAGTACCAAT................. | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ......................................................................................................................................CTAAGCTTGGGGCCTT... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 3l:2971256-2971408 - | dsi_14144 | CAAGAATAAGTTGCTCGATGCCCGCCGTTTGGCCGCTCAGTTCCGGGATGGTGAGGATT---TT---AT---------------------------TCCTTCCATAACTGATGATTTAACAGACAATCCTCATTAGCGTTACGTGGGGTCAAACGCGATCTCATGGTGATTCTAACCTCGGAATGC |
| droSec2 | scaffold_2:3107026-3107178 - | CAAGAATAAGTTGCTCGATGCCCGCCGTTTGGCCACTCAGTTCCGGGATGGTGAGGATT---TT---AA---------------------------TTCCTTCATAACTGCAAATTTGACAGACAATCCTCATTAGCGTTACGTGGGGTCAAACGCGATCTCATGGTGATTCTAACCTCTGACTGC | |
| dm3 | chr3L:3113354-3113506 - | CAAGAATAGGTTGCTCGATGCCCGCCGCTTGGCCACTCAGTTCCGGGATGGTGAGGATT---TT---AT---------------------------TGCCTTCATAACTGCTTGTTTAGCAGACAATCTTCATTAGCATTACGTGGCGTCAAACGCGATCTTATGGTGATTCTAATCGCGGACTGC | |
| droEre2 | scaffold_4784:3122093-3122245 - | CAAGATTGAGTTGCTCAATGCCCGAGATTTGGCCACTCAGTTTCGGGATGGTGAGGATT---TG---AT---------------------------TCCTTTCATATCTGGTCAACTAACAGACAATCCTAAACAGCGTTACGTGGCGTCAAACGCGATCTCATGGTGTTTCTAACATCGGACTGC | |
| droYak3 | 3L:8829990-8830143 + | CCAGAATGAGTTGCTCAATGCGCGACGTTTGGCCACTCAGTTTCGGGATGGTGAGGATT---TT--GAT---------------------------TCCTTTAATAACTGGTTATTTAATTGATAATCCTAAATAGCGTTACGTGGCGTGAAACGCGATCTCATGGTGTTGCTAACATTCCAATGC | |
| droEug1 | scf7180000409466:836142-836297 - | CAATGATGAGATCCCCAATATCAGGCCTTTGGCCACTCAGTTTCGGGATGGTAAAGAAGGTTAT---GC---------------------------TTATGTTTTTTGTGGTGGCTAAAGAAGTAATCCTCTATAGCGTTACGTGGCGCAAAGCGCGATCTCATAATGTTCCTTACCTCGAAATGT | |
| droBia1 | scf7180000302428:2457598-2457753 - | CAATAAGGAGTTGGGCAATGCTGGACGTCTGGCAACTAGGTTTCGTCTTGGTGAGAAGGGCTAT---AC---------------------------TCCTGTTAGATCTAGGGGTTTGATAAATAATCTTCCCTAGCTTTGCAAGGGGTGAAAAGGGATCTCACAAAGTTTCTAACCTCGGAATGT | |
| droTak1 | scf7180000415378:306321-306476 + | CAACGAAGAGTTACCCAGCGCCAAGCGTTTGGCCACCAGGTTGCGTAATGGTGCGTTGTATTAT---CT---------------------------TCCTGTTAGATCTAGTGATTCAATAGCACATCATCCTTAGCTTTACAAGGCCTTAAACTGGATCTTACGGCGTTCCTTACCTCTCAGTGT | |
| droFic1 | scf7180000454105:1427198-1427353 - | CAAAAACGAGTTGGCGAAAGCTCGACCTTTAGCCACTCAGTTTCGGGACGGTAAGGATTGATCT---TT---------------------------TCCCCACATGGTTGATAACTCCACAACCTGCCCTCGACAGCGTTGCGTGGAGTCAAAAGGGATCTCATGGTGATTCTCATCGCGGAGTGT | |
| droKik1 | scf7180000301154:17719-17871 - | CCAGAATGAGCTGCCCGTAGCTCAGGGGTTGGCTATTAGGTTTCGGGATGGTGAGAATC---CTTTGGT---------------------------TTTTTAAAGGATTAACA--ATGA-CAATGATCCTCAACAGCGTTGCGTGCCGTCAAACAAAATCTTAAGGAATTCCTCATCTCGCACTGC | |
| droAna3 | scaffold_13337:9001912-9002062 + | TAAAAAGGACTTGCCCAAGGCCAGACGCTTGGCCACTCAGTTGCGGGACGGTGGGTGTAGATAC---AC----------------------ATTATTTTCTTGA-------TC--CTGA-GCCAGGCTCTTTCCAGGATTGCGTGGTGTCAAGCGGAAGCTAATGGTTCATCTGATCTCGGAGTGT | |
| droBip1 | scf7180000395984:54497-54647 + | TAAAAGGGACTTGCCCAAAGCCAGACGGTTGGCCACTCAGTTAAGGGATGGTGGGTTTC---TT---AT---------------------------TTTTGTTTTCCATTCCT-TTTGATCCAGGA-TCTTTCCAGGATTGCGTGGTGTCAAGCGAGAGCTAATGGTGCATCTGATCTCAGAGTGT | |
| droWil2 | scf2_1100000004830:198034-198196 - | TAAGGATGAGGTACCCCAAGCACGACATTTGGCCACTCAATTTCGAGATGGTAAAAGAT---ACATACACTTCAAGTCGGTTCATATGTATATAACTTTTATAT--------------------TCCAATTGACAGCTCTACGCGATGTTAAACGTCATCTTATGGTGACTCTGATTATGCAATGT |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droSim2 |
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| droSec2 |
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| dm3 |
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| droEre2 |
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| droYak3 |
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| droEug1 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droFic1 |
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| droKik1 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| droWil2 |
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Generated: 05/18/2015 at 03:10 PM