ID:dsi_13299 |
Coordinate:2r:2623207-2623415 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -30.9 | -30.7 | -30.5 | -30.5 |
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intergenic
No Repeatable elements found
|
CGGGAAGTAAACAGTCGCTGACGATCGGAAATCTAAAACAATTACAGCGAGTAGGGCCGTGTACGATAAAAAGAGAACTCCAGCTGATAGTGCACGACAGCGGAACATTGTAGATTCGCTACTGAGTATTTCGTACATACATATGTACATTCATTTTGTTTACATAGTCCATGAGAAGAGCATATGGCTGGGAACTAGAAGATTTACGAAATACGATTCTATACGAAGACGTCGTAATTAAGATTAAACTTTTAATGTTCCGAAGAGCTTAAAATAAAAATGTTTTAAATATCCGAATTTAACGCAATC
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M024 male body |
SRR618934 dsim w501 ovaries |
M053 female body |
SRR553485 Chicharo_3 day-old ovaries |
M025 embryo |
SRR553487 NRT_0-2 hours eggs |
SRR553486 Makindu_3 day-old ovaries |
M023 head |
GSM343915 embryo |
O001 Testis |
SRR902009 testis |
SRR553488 RT_0-2 hours eggs |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...................................................TAGGGCCGTGTACGATAAAAAGAGAAC....................................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................AGAGCACTTGGCTGCGAACTA................................................................................................................ | 21 | 3 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...................................................................................................................................................................................GCATATGGCTGGGAACTAG............................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........................................................................................TGCACGACAGCGGAACATTGTAGCTT................................................................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................................................AACTTTTAATGTTCCGAA............................................. | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................CTATACGAAGACGTCGTAATTAAG................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..............................................................................................................................................................TTTACATAGTCCATGAAAAGAGCA............................................................................................................................... | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................AATTACAGCGAGTAGGGCCG.......................................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................GAACATTGTAGATTCGCTACTGA........................................................................................................................................................................................ | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................TCCAGCTGATAGTGCACGACAGCG............................................................................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....AGTAAACAGTCGCTGACGATCGGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................................................................................................................................................................................................................ATTCTATACGAAGACGTCGC.......................................................................... | 20 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ......................................................................................................................................................................................................................GATTCTATACGAAGACGTCGTA......................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................................................................................................................................................................TCCATGAGAAGAGCATATGGCTGG...................................................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................................AATTACAGCGAGTAGGGCCGT......................................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ............................................................................................................................................................................................TGGGAACTAGAAGATTTACGA.................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ......GTAAACAGTCGCTGACGATCGGAAA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .................................................................................................................ATTCGCTACTGAGTATTTCGT............................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................GTACGATAAAAAGAGAACTC..................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........CAGTCGCTGACGATCGGAAATC.................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................GCACGACAGCGGAACATTGTAGATTCG............................................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................CAATTACAGCGAGTAGGGCCG.......................................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ........................................................................................AGTGCACGACAGCGGAACATTGTAGATTC................................................................................................................................................................................................ | 29 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| CGGGAAGTAAACAGTCGCTGAC............................................................................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| ...............................................................................................................................................................TTACATAGTCCATGAGAA.................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................TAAAAAGAGAACTCCCGGTT............................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................TGGCTGCGAACCAGAAGA........................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................TGCCGGGTACGATAAAA.............................................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGAATTTAACGCA... | 15 | 1 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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|
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**************************************************************************...........................(((...(((.......(((((.((........((((((((((((..(((((((...(((((.((((....))))...)))))....)))))))..))..............)))))))))))).))))).......))))))****************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M023 head |
M024 male body |
M025 embryo |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..............TGCGACTGCTAGCCTTTAGATT................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................CAGGTACTCTTCTCGTATACC.......................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................................................AAGATTGCAAGTCTTCTCGA........................................ | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ................................................................................................................................................................................................................................................................CAAGTCTTCTGGATTTTTATTTTT............................. | 24 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................ACTCTGCTAGTATACCG......................................................................................................................... | 17 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................ATCGAAGCTATGACTCATG.................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .....TCATTTGTCAGCGAA................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................ACTCTTTTCGTATACTGA........................................................................................................................ | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....ATCATTTGTCAGCGA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. | 15 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................GATGTATGCATACCTGTAAGTA........................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droSim2 | 2r:2623157-2623465 - | dsi_13299 | CGGGAAGTAAACAGTCGCTGACGATCGGAAATCTAAAACAATTACAGCGAGTAGGGCCGTGTA--------------------------------CGATAAAAAGAGAACTCCAGCTGATAGTGCACGACAGCGGAACA---TTGTAGATTCGCTACTGAGTATTTCGTACATACATATGTACATTCATTTTGTTTACATAGTCCATGAGAAGAGCATATGGCTGGGAACTAGAAGATTTACGAAATACGATTCTATA---------C-------------------------GAAGACGTCGTAATTAAGATTAAACTTTTAATGTTCCGAAGAGCTTAAAATAAAAAT-----------------GTTTTAA--ATATCCGAATTTAACGCAATC |
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Generated: 05/18/2015 at 08:03 PM