ID:dpe_61 |
Coordinate:scaffold_7193:1313-1373 + |
Confidence:Known Ortholog |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -23.3 | -23.3 | -23.1 |
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intergenic
No Repeatable elements found
| mature | star |
|
AGATCAGAATCTGAGTAACGACAAAGAAGTAACCAAATTTCAATTTTCTTACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTGCGTTTTTAAACTCGTATTGCATTTCCAATCTGGCAAGTTAGCTTGAACATCACCTGCGCTTGAGAATGATGTCTTAAAATAATAGA
***********************************...(((((((..(((.((((..((((..(((((.(((...............))).)))))..))))..)))).)))..)).)))))...************************************ |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V111 male body |
M042 female body |
V050 head |
M021 embryo |
V057 head |
V042 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAA........................................................................................... | 20 | 0 | 4 | 34.00 | 136 | 133 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAA............................................................................................ | 19 | 0 | 4 | 27.50 | 110 | 109 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCAATCTGGCA................................................... | 21 | 0 | 5 | 10.80 | 54 | 39 | 10 | 5 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGT........................................................................................ | 23 | 0 | 4 | 10.00 | 40 | 39 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCAATCTGGCAA.................................................. | 22 | 0 | 5 | 9.00 | 45 | 21 | 17 | 6 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACT......................................................................................... | 22 | 1 | 4 | 4.25 | 17 | 17 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAAA.......................................................................................... | 21 | 1 | 4 | 4.25 | 17 | 15 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTT....................................................................................... | 24 | 0 | 4 | 1.50 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTC....................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 1.25 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTGCGT................................................................................... | 28 | 0 | 4 | 1.25 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGA........................................................................................ | 23 | 1 | 4 | 1.00 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCAATCTGGC.................................................... | 20 | 0 | 5 | 0.80 | 4 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCAATCTGG..................................................... | 19 | 0 | 5 | 0.80 | 4 | 1 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTCTCC.................................................................................... | 27 | 3 | 4 | 0.75 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCAATCTGGCAT.................................................. | 22 | 1 | 5 | 0.60 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTATT............................................................................................ | 19 | 2 | 5 | 0.60 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGCGGATTTGTAAAACG......................................................................................... | 22 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTGCG.................................................................................... | 27 | 0 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACCT........................................................................................ | 23 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACC......................................................................................... | 22 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACTT........................................................................................ | 23 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................GTGTGGATTTGTAAAACG......................................................................................... | 18 | 0 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCAATCTGGCAAA................................................. | 23 | 1 | 5 | 0.40 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTGCGTT.................................................................................. | 29 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................CAGTGTGGATTTGTAAAACG......................................................................................... | 20 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACTAGTGTGGATTTGTAAAA........................................................................................... | 20 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGCTTTGTAAAACG......................................................................................... | 22 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..................................................ACCAGTGTGTATTTGTAAAAC.......................................................................................... | 21 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAGAAC.......................................................................................... | 21 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGAATTTGTAAAA........................................................................................... | 20 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTTTGGATTTGTAAAACGTTGCGT................................................................................... | 28 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCGGTGTGGATTTGTAAAACT......................................................................................... | 22 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTGGTAAAAC.......................................................................................... | 21 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGAA....................................................................................... | 24 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ATCAGTGTGGATTTGTAAAAC.......................................................................................... | 21 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................CCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTGCGT................................................................................... | 27 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTTCC.................................................................................... | 27 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGGGTGGATTTGTAAA............................................................................................ | 19 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGAAGAA........................................................................................... | 20 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAA............................................................................................. | 18 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACTC........................................................................................ | 23 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAC............................................................................................ | 19 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAATT......................................................................................... | 22 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAAT.......................................................................................... | 21 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTTTAAAAC.......................................................................................... | 21 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAG........................................................................................... | 20 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTG...................................................................................... | 25 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................CAGTGTGGATTTGTAAAACGTTCCT.................................................................................... | 25 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAT............................................................................................ | 19 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTAAAT........................................................................................... | 20 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCAATCTGGCT................................................... | 21 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .........................................................................................TATTGCATGTCCAATCTGGCA................................................... | 21 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTGCAATCTGGCA................................................... | 21 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCCATCTGGCAA.................................................. | 22 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................................................TATTGCATTTCCAATCTGGA.................................................... | 20 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTATACG.......................................................................................... | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................ACCAGTGTGGATTTGTTTA............................................................................................ | 19 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TCTAGTCTTAGACTCATTGCTGTTTCTTCATTGGTTTAAAGTTAAAAGAATGGTCACACCTAAACATTTTGCAACGCAAAAATTTGAGCATAACGTAAAGGTTAGACCGTTCAATCGAACTTGTAGTGGACGCGAACTCTTACTACAGAATTTTATTATCT
************************************...(((((((..(((.((((..((((..(((((.(((...............))).)))))..))))..)))).)))..)).)))))...*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M042 female body |
V042 embryo |
V057 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .........................................................................................................ACCATTCCATCGAACTTATA.................................... | 20 | 3 | 10 | 6.00 | 60 | 60 | 0 | 0 |
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| .......................................................................................................................CTTGTAGTGGAAGGGAACT....................... | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| .........................................................................................................ACCATTCCATCGAACTTATAG................................... | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| .........................................................................................................ACCATTCCATCTAACTTGTAG................................... | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................ACCATTCCATCTAACTTGTA.................................... | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................................................................ACCATTCAATCTAACTTATAG................................... | 21 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................................................................ACCGTTCCATCTAACTTATAG................................... | 21 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droPer2 | scaffold_7193:1263-1423 + | dpe_61 | AGATCAGAATCTGAGTAACGACAAAGAAGTAACCAAATTTCAATTTTCTTACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTGCGTTTTTAAACTCGTATTGCATTTCCAATCTGGCAAGTTAGCTTGAACATCACCTGCGCTTGAGAATGATGTCTTAAAATAATAGA |
| dp5 | 4_group4:3553389-3553549 + | dps-mir-2567c | AGATCAGAATCTGAGTAATGACAAAGAAGTAACCAAATTTCAAGTTTCTTACCAGTGTGGATTTGTAAAACGTTGCGTTTTTAAACTCGTATTGCATTTCCAATCTGGCAAGTTAGCTTGAACATCACCTGCGCTTGAGAATGATGTCTTAATATAATAGA |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| droPer2 |
|
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| dp5 |
|
Generated: 05/15/2015 at 02:27 PM