ID:dpe_1158 |
Coordinate:scaffold_21:799759-799909 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -19.1 | -18.7 | -18.6 | -18.4 |
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CDS [Dper\GL14877-cds]; exon [dper_GLEANR_15747:2]; intron [Dper\GL14877-in]
No Repeatable elements found
| mature | star |
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## AAGCCGTGCGTGACGGCCTCCTATTCATATTCGGCAAATTCCTAAGACTTGTACGGCGCCTCGACATGCATGGAGGCGGAACCGGGAACAACATCAACTTTGTGGAGGGGCTCATCGACTTCCTGGCGGGCTCTTTGGGTGCGTATACACACAGCTCTGCCGACACCATGGGACCAATATCAACTCCCCTTGATCTCTTAGGCGGGGCCGCACAGGTGTACGTCTCGCAGCCGCTGGACACTGTCAAGGTG **********************************************************************************...........((........((.((((((.............(((.((((...)))).)))........)))))).))........))******************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M042 female body |
M021 embryo |
V057 head |
V042 embryo |
V111 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...................................................................................................................................................CACACAGCTCTGCCGACACCATGG................................................................................ | 24 | 0 | 8 | 4.00 | 32 | 32 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................AAGACTTGTACGGCGCCT.............................................................................................................................................................................................. | 18 | 0 | 1 | 3.00 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................CTAAGACTTGTACGGCGCCT.............................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................ATTCCTAAGACTTGTACGGCGCCTC............................................................................................................................................................................................. | 25 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................CACACAGCTCTGCCGACACCATGGG............................................................................... | 25 | 0 | 8 | 2.00 | 16 | 16 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................TATCAACTCCCCTTGATCTCTTAGGC................................................ | 26 | 0 | 6 | 1.33 | 8 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................CACACAGCTCTGCCGACACCATG................................................................................. | 23 | 0 | 8 | 1.25 | 10 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .....................................ATTCCTAAGACTTGTACGTCGCCTC............................................................................................................................................................................................. | 25 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................TTCCTAAGACTTGTACGGCG................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................ATTCCTAAGACTTGTACGGCGCCG.............................................................................................................................................................................................. | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................ATTGCTAAGACTTGTACGGCGCCG.............................................................................................................................................................................................. | 24 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................AAGACTTGTACGCCGCCT.............................................................................................................................................................................................. | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................CTAAGACTTGTACGGCGC................................................................................................................................................................................................ | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................GCAAATTCCTAAGACTTG........................................................................................................................................................................................................ | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................AAATTCCTAAGACTTGTA...................................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................CAAATTCCTAAGACTTGTACGGCGC................................................................................................................................................................................................ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ...................................................................................................................................................CACACAGCGCTGCCGACACCATGG................................................................................ | 24 | 1 | 8 | 0.50 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...................................................................................................................................................CACACAGCTCTGCCGACACCAT.................................................................................. | 22 | 0 | 8 | 0.50 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................CACACAGCTCTGCCGACACCATGGGAC............................................................................. | 27 | 0 | 8 | 0.50 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................TGTACGTCTCGCAGCCGCTG............... | 20 | 0 | 8 | 0.50 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................TCATCGACTTCCTGGCGGGCTCTT.................................................................................................................... | 24 | 0 | 8 | 0.38 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................CGGGAACAACATCAACTTTGTGGAG................................................................................................................................................ | 25 | 0 | 8 | 0.38 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................ACACAGCTCTGCCGACACCATGG................................................................................ | 23 | 0 | 8 | 0.38 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ......................................................................................................................................................................................................TAGGCGGGGCCGCACAGGTGTACGA............................ | 25 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ........................................................................................................................................................................................................................TGTACGTCTCGCAGCCGCTGGACA........... | 24 | 0 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................GGGAACAACATCAACTTTGTGGAG................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................................................................................................................................................GGGGCCGCGCAGGTGTACGTCT.......................... | 22 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................................................................................ACAACATCAACTTTGTGGAGGGGCTC.......................................................................................................................................... | 26 | 0 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................TGCATGGAGGCGGAACCGGGAACA................................................................................................................................................................. | 24 | 0 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....................................................................................................................................................ACACAGCTCTGCCGACACCAT.................................................................................. | 21 | 0 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................TACGTCTCGCAGCCGCTGGACACTGT....... | 26 | 0 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................CGGGAACAGCATCAACTTTCTGGAG................................................................................................................................................ | 25 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................TCCTGGCGGGCTCTTTGGGCGG............................................................................................................. | 22 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................CGGGAACAACATCAACTTTGGAGG................................................................................................................................................. | 24 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................CGGGCTCTCTGGGTGGGTAC......................................................................................................... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...........................................................................................................................TGTCGGGCTCTTTGAGTGCGC........................................................................................................... | 21 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................GGCTCTATGGGTGGGTACA........................................................................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 |
| ...............................................................................................................................GGGCTCTATGGGTGGGTA.......................................................................................................... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...........................................................................................................................TGGCGGGTTCTTTGGGTAG............................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................GCTCATCGACTCGCCGGCGG.......................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................................TGGAGGGTGAACCGGCAAC.................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
|
TTCGGCACGCACTGCCGGAGGATAAGTATAAGCCGTTTAAGGATTCTGAACATGCCGCGGAGCTGTACGTACCTCCGCCTTGGCCCTTGTTGTAGTTGAAACACCTCCCCGAGTAGCTGAAGGACCGCCCGAGAAACCCACGCATATGTGTGTCGAGACGGCTGTGGTACCCTGGTTATAGTTGAGGGGAACTAGAGAATCCGCCCCGGCGTGTCCACATGCAGAGCGTCGGCGACCTGTGACAGTTCCAC
********************************************************************************...........((........((.((((((.............(((.((((...)))).)))........)))))).))........))********************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M042 female body |
M021 embryo |
V111 male body |
V057 head |
V042 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ....................................................................................................................................GAAACCCACGCATATGTGTGTCGAG.............................................................................................. | 25 | 0 | 8 | 3.13 | 25 | 25 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................................................GCAGAGCGTCGGCGACCTGTGACAGT..... | 26 | 0 | 8 | 2.75 | 22 | 22 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................AGAGCGTCGGCGACCTGTGACAGT..... | 24 | 0 | 8 | 2.75 | 22 | 22 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................GAGCGTCGGCGACCTGTGACAGT..... | 23 | 0 | 8 | 2.13 | 17 | 17 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................GTACCTCCGCCTTGGCCCTTGTTG............................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 8 | 1.88 | 15 | 13 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| ...................................................................................................................................AGAAACCCACGCATATGTGTGTCGAG.............................................................................................. | 26 | 0 | 8 | 1.88 | 15 | 15 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................CGTACCTCCGCCTTGGCCCTTGTTG............................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 8 | 1.63 | 13 | 12 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .......................AAGTATAAGCCGTTTAAGGATTCT............................................................................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 8 | 1.38 | 11 | 11 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................CAGAGCGTCGGCGACCTGTGACAGT..... | 25 | 0 | 8 | 1.25 | 10 | 9 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .....................................................................................................................................AAACCCACGCATATGTGTGTCGAG.............................................................................................. | 24 | 0 | 8 | 1.13 | 9 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................TATAGTTGAGGGGAACTAGAGAAT................................................... | 24 | 0 | 6 | 1.00 | 6 | 4 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................AACCCACGCATATGTGTGTCGAG.............................................................................................. | 23 | 0 | 8 | 0.88 | 7 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................GAGAAACCCACGCATATGTGTGTCGAG.............................................................................................. | 27 | 0 | 8 | 0.75 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................AGCGTCGGCGACCTGTGACAGT..... | 22 | 0 | 8 | 0.63 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................ACGTACCTCCGCCTTGGCCCTTGTTG............................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 8 | 0.50 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................GGAACTAGAGAATCCGCCCCGGCGTGT..................................... | 27 | 0 | 7 | 0.43 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................................GAGCGTCGGCGACCTGTGACAG...... | 22 | 0 | 8 | 0.38 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................GTACGTACCTCCGCCTTGGCCCTTGTTG............................................................................................................................................................... | 28 | 0 | 8 | 0.38 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................GCTGTGGTACCCTGGTTATAGT..................................................................... | 22 | 0 | 8 | 0.38 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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Generated: 06/08/2015 at 03:51 PM