ID:dmo_883 |
Coordinate:scaffold_6482:2457830-2457980 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -11.0 | -10.9 |
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CDS [Dmoj\GI14471-cds]; exon [dmoj_GLEANR_15004:1]; intron [Dmoj\GI14471-in]
| Name | Class | Family | Strand |
| AT_rich | Low_complexity | Low_complexity | + |
| mature | star |
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- AATGGACTGGCACCTGTGATGAAGGAGCAACTGATCTCTAGCATGAAACGGTGCGTTTCTGCAGCGGGAAGGCCTGTGTTCTCCATAATCATTGATGAATCGACTGATGTTTCGTGTACAAAGGTCTTGGCGTGTGTTTACCCTTATTTTTTTTATATATAATAAGTCTGGTATTATTTTTACATATTATAATTTGAATTTCCAGACGATTTATTTGTTATTGTATTTATAGTGGTATTTTGTAAAATATG ****************************************************************************************..........(((((((..((((..(((((.(((((....((.(((....)))))....))))).)))))..)))))))).))).****************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M046 female body |
M060 embryo |
V110 male body |
V041 embryo |
V056 head |
V049 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 4 | 24.00 | 96 | 54 | 41 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTCG......................................................................................................................................... | 26 | 0 | 5 | 6.20 | 31 | 23 | 0 | 6 | 2 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTG...................................................................................................................................................................................................... | 23 | 0 | 4 | 3.75 | 15 | 13 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................CAAAAGCTTTGATGAATCGAC................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 7 | 2.29 | 16 | 10 | 0 | 4 | 0 | 2 | 0 |
| ....................................................................................AAAAGCTTTGATGAATCGAC................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 15 | 2.20 | 33 | 22 | 0 | 9 | 0 | 1 | 1 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTT........................................................................................................................................... | 24 | 0 | 5 | 2.00 | 10 | 7 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTC.......................................................................................................................................... | 25 | 0 | 5 | 1.80 | 9 | 6 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTCGT........................................................................................................................................ | 27 | 0 | 4 | 1.50 | 6 | 3 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTGCGT................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 4 | 1.25 | 5 | 4 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTGCG.................................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 4 | 1.25 | 5 | 4 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..TGGACTGGCACCTGTGATGAAGG.................................................................................................................................................................................................................................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................TTTTTTTATATATAATAAGTCTGGTA.............................................................................. | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................TGTTATTGTATTTATAGTGGTATTT........... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................TTATATATAATAAGTCTGGTATTAT.......................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTCGTG....................................................................................................................................... | 28 | 0 | 4 | 1.00 | 4 | 3 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGTTCTCTAGCATGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 1.00 | 4 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................TACAAAGGTCTTGGCGTGTGTTTACC............................................................................................................. | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................AAAGGTCTTGGCGTGTGTTTACCCTTA......................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................TGTTATTGTATCTATAGTGGTATT............ | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................AAGCTTTGATGAATCGAC................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 9 | 0.78 | 7 | 4 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................CGGATCTCTAGCATGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 0.75 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATG.............................................................................................................................................. | 21 | 0 | 5 | 0.60 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................TGATCTCTAGCATGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 23 | 0 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTGCGTC.................................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................TGATGTTTCGTGTACAAAGGTCTTGGC........................................................................................................................ | 27 | 0 | 4 | 0.50 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTCGTC....................................................................................................................................... | 28 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTCATCTCTAGCATGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 0.50 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGT....................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 4 | 0.50 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................CAAAAGCTTTGATGAATCGA.................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.45 | 9 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTCGCC....................................................................................................................................... | 28 | 2 | 5 | 0.40 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................CGGGAAGTCCTGTTTTCG......................................................................................................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.35 | 7 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............CCTGTGATGAAGGAGCAACTGATCTC..................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................ATATTATAATTTGAATTTCCAGAC............................................ | 24 | 0 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................GGAGCAACTGATCTCTAGCATGAA............................................................................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTTC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CGGATCTCTAGCATGAAACTGTGCGC................................................................................................................................................................................................... | 26 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTGCGTTTC................................................................................................................................................................................................ | 29 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................GATGAATCGACTGATGTTTCGTGTAC.................................................................................................................................... | 26 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................GATGTTTCGTGTACAAAGGTCT............................................................................................................................ | 22 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTGT..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..............................CGGTTCTCTAGCATGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CAGATCTCTAGCATGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................TGTACAAAGGTCTTGGCGTGTG................................................................................................................... | 22 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTGCGC................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .........................................................................................CATTGATGAATCGACTGATGTTTCGT........................................................................................................................................ | 26 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................TGATCTCTAGCATGAAACGGTGCGTTTC................................................................................................................................................................................................ | 28 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCATGAAACGGTAC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCCAGCATGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .....................................................................................TAATCATTGATGAATCGACTGATC.............................................................................................................................................. | 24 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................CATTGATGAATCGACTGATGTT............................................................................................................................................ | 22 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................CATTGATGAATCGACTGATGTTT........................................................................................................................................... | 23 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGT............................................................................................................................................. | 22 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGCTTCG......................................................................................................................................... | 26 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGAT............................................................................................................................................... | 20 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TGCAGCGGGAGGGCCTGTGTTCTCC....................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................CTGCAGCGGGAAGGCCTGT.............................................................................................................................................................................. | 19 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................GTCATTGATGAATCGACTGATGTTTCG......................................................................................................................................... | 27 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................TCTGCAGCGGGAAGGCCTGTG............................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TGCAGCGGGAAGGCCTGTGTTCTCC....................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTT.......................................................................................................................................... | 25 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................GCATTGATGAATCGACTGATGTTTCGC........................................................................................................................................ | 27 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................AATCATTGATGAATCGACTGATGTTTCG......................................................................................................................................... | 28 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................CATTGATGAATCGACTGATGTTTCG......................................................................................................................................... | 25 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................TTCTGCAGCGGGAAGGCCTGTGTTCT......................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTT............................................................................................................................................ | 23 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TGCAGCGGGAAGGCCTGTGTTCTC........................................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TTATTGATGAATCGACTGATGTTT........................................................................................................................................... | 24 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ........................................................TTCTGCAGCGGGAAGGCCTGTGTT........................................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................TGTGTTCTCCATAATCATTGATGAAT....................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTCGC........................................................................................................................................ | 27 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................TCCATAATCATTGATGAATCGACTGA................................................................................................................................................ | 26 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................ATTGATGAATCGACTGATGTTTCG......................................................................................................................................... | 24 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................CATTGATGAATCGACTGATGT............................................................................................................................................. | 21 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................CTGATCTCTAGCCTGAAACGGTGC..................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAAACGACTGATGTTTCG......................................................................................................................................... | 26 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TCATTGATGAATCGACTGATGTTTCC......................................................................................................................................... | 26 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................CAAAACCTTTGATGAATCGAC................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................GGTTCGATTCCGCAGCGGGA...................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................GAGACGATTTGTTTGTTAT.............................. | 19 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................ATAATTTGAATTTCCAGACGATTTATTT................................... | 28 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................................ATAATTTGAATTTCCAGACGATTTATT.................................... | 27 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TTACCTGACCGTGGACACTACTTCCTCGTTGACTAGAGATCGTACTTTGCCACGCAAAGACGTCGCCCTTCCGGACACAAGAGGTATTAGTAACTACTTAGCTGACTACAAAGCACATGTTTCCAGAACCGCACACAAATGGGAATAAAAAAAATATATATTATTCAGACCATAATAAAAATGTATAATATTAAACTTAAAGGTCTGCTAAATAAACAATAACATAAATATCACCATAAAACATTTTATAC
******************************************************************************..........(((((((..((((..(((((.(((((....((.(((....)))))....))))).)))))..)))))))).))).**************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M046 female body |
M060 embryo |
V110 male body |
V041 embryo |
V056 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................CCGGACACAAGAGGTATTAGTAACTACT......................................................................................................................................................... | 28 | 0 | 5 | 28.40 | 142 | 98 | 42 | 2 | 0 | 0 |
| ........................................................................GGACACAAGAGGTATTAGTAACTACT......................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 5 | 28.20 | 141 | 127 | 8 | 3 | 3 | 0 |
| .......................................................................CGGACACAAGAGGTATTAGTAACTACT......................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 5 | 11.00 | 55 | 48 | 7 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................GACACAAGAGGTATTAGTAACTACT......................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 5 | 3.60 | 18 | 17 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................GGACACAAGAGGTATTAGTAACTAC.......................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 5 | 1.60 | 8 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................AAAGGTCTGCTAAATAAACAATAACAT.......................... | 27 | 0 | 2 | 1.50 | 3 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................CCGGACACAAGAGGTATTAGTAACTAC.......................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 5 | 1.40 | 7 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................ACACAAGAGGTATTAGTAACTACT......................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 5 | 1.20 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................AGGTCTGCTAAATAAACAATAACAT.......................... | 25 | 0 | 2 | 1.00 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................CCGGACACAAGAGGTATTAGTAACTAGT......................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 5 | 1.00 | 5 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................TCCGGACACAAGAGGTATTAGTAACTACT......................................................................................................................................................... | 29 | 0 | 5 | 0.80 | 4 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................GTACTTTGCCACGCAAAGACGTCGCCCTT..................................................................................................................................................................................... | 29 | 0 | 4 | 0.75 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................GTTTTCGAAACTACTTAGCTG................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 7 | 0.71 | 5 | 4 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................TTTGCCACGCAAAGACGTCGCCCTT..................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 5 | 0.60 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................AAAAAAAAAATATCACCATAAAACATTT..... | 28 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................AAGGTCTGCTAAATAAACAATAACAT.......................... | 26 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................CCCGGACACAAGAGGTATTAGTAACTACT......................................................................................................................................................... | 29 | 1 | 5 | 0.40 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................CGTCGCCCTTCCGGACACAAGAGGTAT.................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 5 | 0.40 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................GGGCACAAGAGGTATTAGTAACTACT......................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 5 | 0.40 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................CCGGACACAAGAGGTATTAGTAACTACG......................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 5 | 0.40 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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