ID:dmo_2202 |
Coordinate:scaffold_6541:688884-689019 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
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| -11.8 | -11.2 |
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CDS [Dmoj\GI14183-cds]; exon [dmoj_GLEANR_14402:1]; exon [dmoj_GLEANR_14402:2]; CDS [Dmoj\GI14183-cds]; intron [Dmoj\GI14183-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## GGAAGAAGCACGGAGTCGGCAAAGGGAAGAAGCACGAGGCTCGGTAGGGAGTACTACCGCCGCCAAGAGGAGCGGGCGCCACCCCGGCGCGTGCACACGGTCCTCCGCTCGACAGTGAACGTGGCAACCCGTATGGATGGCCTCATACAGCTGATACAGGCCAAATACACAACAGTGTACATCCAGGTACCCAGTGGGGAACAGCGCCACCACTCGTGGAGGAGCCGCCATCTCCT ************************************************************************************************************......((..............((((....(((((((......)))....))))..))))...))*************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M046 female body |
M060 embryo |
V056 head |
V110 male body |
V049 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ............................................................................................................TCGACAGTGAACGTGGCAACCCGT........................................................................................................ | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................TCGACAGTGAACGTGGCAACC........................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...............................................................................................................................................CATACAGCTGATACAGGCCAAATAC.................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................AGAAGCAGTAGGCTCGGTAG............................................................................................................................................................................................. | 20 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................TGGACAGTGAACGTGGCAACCCGTA....................................................................................................... | 25 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................TCGACAGTGAACGTGGCAACCCGTATG..................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................TCGACAGTGAACGTGGCAACCCGTAT...................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................TCGACAGTGAACGTGGCAACCCGTA....................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................ATACAGCTGATACAGGCCA......................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................TGAACGTGGCAACCCGTATGGATGGCC.............................................................................................. | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................ATCTACCGCCGCCAAGAGGAGCGGGCGCC............................................................................................................................................................ | 29 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................GACCCGTATGAATGGCCT............................................................................................. | 18 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................TCGACTGTGAACGTGGCAACC........................................................................................................... | 21 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................GTGCACACGGTCCTCCGC................................................................................................................................ | 18 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................CCCGGCGCGTGCACACGG........................................................................................................................................ | 18 | 0 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................AGGAGCGGGCGCCACCCCGGCGCGTG............................................................................................................................................... | 26 | 0 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................CAAGAGGAGCGGGCGCCACCCC....................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................CACTCGTGGAGGAGCCGCCAT..... | 21 | 0 | 19 | 0.11 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................CTAGTGGGGAAAGGCGCCA........................... | 19 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................GCCAAGAGGAGCGGGCGCCTT.......................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................CTGGGAGGAGCCGACATCT... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................CCACTCGTGGAGGAGCCGCCA...... | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................CCACCACTCGTGGAGGAGCCG......... | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................GCCACCACTCGTGGAGGAGCCGCC....... | 24 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................AGGAGCGGGCTCCACCCCACC.................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ........................................................................................GCGCGCACACCGTCCCCCG................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ................................................................................ACCCCGGCGTGTGCACCC.......................................................................................................................................... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
CCTTCTTCGTGCCTCAGCCGTTTCCCTTCTTCGTGCTCCGAGCCATCCCTCATGATGGCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGTGGGGCCGCGCACGTGTGCCAGGAGGCGAGCTGTCACTTGCACCGTTGGGCATACCTACCGGAGTATGTCGACTATGTCCGGTTTATGTGTTGTCACATGTAGGTCCATGGGTCACCCCTTGTCGCGGTGGTGAGCACCTCCTCGGCGGTAGAGGA
***************************************************************......((..............((((....(((((((......)))....))))..))))...))************************************************************************************************************ |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M046 female body |
M060 embryo |
V041 embryo |
V110 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...............................CGTGCTCCGAGCCATCCCTCATGAT.................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 14.00 | 14 | 6 | 1 | 6 | 1 |
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| ...............................................................................................................................GGGCATACCTACCGGAGTATGTCGAC................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 4.00 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 |
| .......................CCCTTCTTCGTGCTCCGAGCCATCCCT.......................................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 4.00 | 4 | 2 | 2 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................CATACCTACCGGAGTATGTCGACTAT................................................................................ | 26 | 0 | 1 | 3.00 | 3 | 2 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................CCGGTTTATGTGTTGTCACATGTAGGT................................................... | 27 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................CGTGTGCCAGGAGGCGAGCTGTCACT...................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ................................GTGCTCCGAGCCATCCCTCATGAT.................................................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................GGCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGT........................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 7 | 1.57 | 11 | 6 | 5 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................TTATGTGTTGTCACATGTAGGT................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| .....................................................................................................................................ACCTACCGGAGTATGTCGACTATGT.............................................................................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................GGCATACCTACCGGAGTATGTCGACTA................................................................................. | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................ACCTACCGGAGTATGTCGACTAT................................................................................ | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................CGGTTTATGTGTTGTCACATGTAGG.................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| .....................CTCCCTTCTTCGTGCTCCGAGCCATCCCT.......................................................................................................................................................................................... | 29 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ........................CCTTCTTCGTGCTCCGAGCCATCCCT.......................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................CTACCTACCGGAGTATGTCGACTAT................................................................................ | 25 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................................................................................CCAGGAGGCGAGCTGTCACTT..................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ................................................................................................TGCCAGGAGGCGAGCTGTCACT...................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................CGGTTTATGTGTTGTCACATGTAGGT................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ............................CTTCGTGCTCCGAGCCATCCCTCATGAT.................................................................................................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................ATGTTGTGTTGTCACATGTAGGT................................................... | 23 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........................................................................................CACGTGTGCCAGGAGGCGAGCTGTCACTT..................................................................................................................... | 29 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............................CGTGCTCCGAGCCATCCCTCATGATC................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................CTTGTCGCGGTGGTGAGCAC.................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................................................CGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGT........................................................................................................................................................... | 23 | 0 | 7 | 0.86 | 6 | 3 | 3 | 0 | 0 |
| .........................................................GCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGT........................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 7 | 0.71 | 5 | 3 | 2 | 0 | 0 |
| .......................................................................CGCCCGCGGTGGGGCCGCGCACGT............................................................................................................................................. | 24 | 0 | 7 | 0.57 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................TCGCCCGCGGTGGGGCCGCGCACGT............................................................................................................................................. | 25 | 0 | 7 | 0.43 | 3 | 2 | 1 | 0 | 0 |
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| .......................................................TGGCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGT........................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 7 | 0.29 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| .....................................................................CTCGCCCGCGGTGGGGCCGCGCACGT............................................................................................................................................. | 26 | 0 | 7 | 0.29 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................GCCGCGCACGTGTGCCAGGAGGCGAGCT............................................................................................................................ | 28 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
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| .........................................................................CCCGCGGTGGGGCCGCGCACGTGT........................................................................................................................................... | 24 | 0 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ............................................................................................CGTGTGCCAGGAGGCGAGCTGTTAGT...................................................................................................................... | 26 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................................................ATCGCCCGCGGTGGGGCCGCGCACGT............................................................................................................................................. | 26 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| .........................................................GCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGTT........................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................................................GGTTCTCCTCGCCCGCGGTGGGGGC..................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................GGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGT........................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................................................CTCGCCCGCGGTGGGGCCGCGCAAGT............................................................................................................................................. | 26 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................ATGGCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGTT........................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ........................................................GGCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGG............................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................ATGTGTTGTCACATGTAGGT................................................... | 20 | 0 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................CCGCCCGCGGTGGGGCCGCGCAAGT............................................................................................................................................. | 25 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................................TATGGCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGT........................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................CGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGTT........................................................................................................................................................... | 23 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| ......................................................ATGGCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGT........................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .......................................................AGGCGGCGGTTCTCCTCGCCCGCGGT........................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................AGCCCGCGGTGGGGCCGCGCACGT............................................................................................................................................. | 24 | 1 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................TCCGAGCCATCCCTCATGAT.................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................GCTCCGAGCCATCCCTCATGAT.................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................CGGCGGTTCTCCTCGCCCCGGT............................................................................................................................................................ | 22 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .................................................................TCTCCTCGCCCGCGGTGGGGCC..................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 16 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................CGTGTGCCAGGAGGCGAGCTGCCACT...................................................................................................................... | 26 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droMoj3 | scaffold_6541:688834-689069 - | dmo_2202 | GGAAGAAGCACGGAGTCGGCAAAGGGAAGAAGCACGAGGCTCGGTAGGGAGTACTACCGCCGCCAAGAGGAGCGGGCGCCACCCCGGCGCGTGCACACGGTCCTCCGCTCGACAGTGAACGTGGCAACCCGTATGGATGGCCTCATACAGCTGATACAGGCCAAATACACAACAGTGTACATCCAGGTACCCAGTGG-GGAACAGCGCCACCACTCGTGGAGGAGCCGCCATCTCCT |
| droVir3 | scaffold_13317:3291-3521 - | GCCGGGAGCCGCAGGCCGTCCGCGTGACCCA-----CGCCAGGGGCGTGAGTACTATCGAAGAGAACAGAAG-GACCGCCTCGCCAGTTCTGCCATACACTATTCTCCCGGCGGACCGGCATAATGGAGAGGCTAGACGGGATGGTCTTGCTGATGGCAGTCGAGGTCACGACAATGTTCGTGGAGGCACCATTCGCCCGGAACTCGCCACCGTACGCGGAAGAGCCTGTATCTCCG | |
| droAna3 | scaffold_11862:5344-5373 + | AG--A---------------------------------------------------------------GAGGCGGACGCCACCCTG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCGCTGGCA | |
| droKik1 | scf7180000297734:21944-21975 - | AA-----GCATTGGGTAGGCAAAAAGAA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAGCACGA | |
| droRho1 | scf7180000763742:12815-12865 + | AC------------------------------------------------------------------------GGCGCCACCCCTACACGCGGACATG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GACGTGCCAGCGCTGGTACCGCTT | |
| droTak1 | scf7180000415867:493848-493882 - | CA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCGCCACCACCACCGGCGACGCCACCACCACCA |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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