ID:der_1019 | 
		Coordinate:scaffold_4845:2180354-2180504 - | 
		Confidence:Candidate | 
		Type:Unknown | 
		[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] | 
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read | 
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| -5.6 | -5.0 | -5.0 | 
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CDS [Dere\GG21366-cds]; exon [dere_GLEANR_6090:2]; intron [Dere\GG21366-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## AAAGCTAATATGTGCAAGAAGTGACCGATTACAGTGGGCAAGAAAGATTATTTGAAAATGTGATTTACGTTAAAGTTTAAATTGGCAAAGGTATAAATGTTTTAGAGAAATTAAATAGATCGCTAGTTCTGCTCCCGACATTTAAAAAAAAACAGTTGTAAGATTGACTAACACTTTTTCGCACTTTAAACTTTTTTGTAGCTTGATGCAGTTGTTTGAGAGCGGAATCCTAGATAAAATGACCGCTGCCG *****************************************************************........(((...(((((((...(((......(((((...))))).......))))))))))..)))..********************************************************************************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | GSM1528801 follicle cells  | 
	M055 female body  | 
	V107 male body  | 
	M057 embryo  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............................................................................................................TAAATAGATCGCTAGTTCTGCTCC.................................................................................................................... | 24 | 0 | 20 | 2.80 | 56 | 56 | 0 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................TAAATAGATCGCTAGTTCTGCTCCCG.................................................................................................................. | 26 | 0 | 20 | 1.50 | 30 | 0 | 30 | 0 | 0 | 
| .................................................................................................................................................................................TTCGCACTTTAAACTTTTTTGTAGCT................................................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| .........................................................................................................................................................................................TTAAACTTTTTTGGAGCTTGATGCAGT....................................... | 27 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................................................TTACGTTAAAGTTTAACTTGGCAAAGGTAT............................................................................................................................................................. | 30 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .........................................................................................................................................................................................TTCAACTTTTTTGTAGCTTGATGCAGT....................................... | 27 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ....................................................................................................................................................................................................TGTAGCTTGATGCAGTTGTTTGAGA.............................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| .....................................................................................................................................................................................................GTAGCTTGATTCAGCTGTT................................... | 19 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................TAAATAGATCGCTAGTTCTGCTCCTGA................................................................................................................. | 27 | 1 | 20 | 0.80 | 16 | 16 | 0 | 0 | 0 | 
| ..............................................................................................................TTAAATAGATCGCTAGTTCT......................................................................................................................... | 20 | 0 | 20 | 0.40 | 8 | 8 | 0 | 0 | 0 | 
| .......................................................................................................................TCGCTAGTTCTGCTCCCGACA............................................................................................................... | 21 | 0 | 20 | 0.25 | 5 | 0 | 5 | 0 | 0 | 
| ..........TGTGCAAGAAGTGACCGATTACAGTGG...................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 
| ......................................................................................................TAGAGAAATTAAATAGATCGCTAGTT........................................................................................................................... | 26 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 
| ...................................................................................................................TAGATCGCTAGTTCTGCTCCCGACA............................................................................................................... | 25 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................TAACTAGATCGCTAGTTCTGCTCCCGA................................................................................................................. | 27 | 1 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 
| ............TTCAAGAAGTGACCGATTACAGTGG...................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ...................AGGGACCGATTACAGTGGGCAAGAAAG............................................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| ...............................................................................................................TAAATAGATCGCTAGTTGTGCTCC.................................................................................................................... | 24 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .................................................................TACGTTAAAGTTTAAATTGGCA.................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| .......CTATGTGCAAGAAGTGACCGATTACA.......................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ...................................................................................................................TAGACCGCTAGTTCTGCTCCCGACA............................................................................................................... | 25 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ..................................................................................................GTTTTAGAGAAATTAAATAGATCGC................................................................................................................................ | 25 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| .........................................GAAAGATTATTTGAAAATGTGATTT......................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| .............................TACAGTGGGCAAGAAAGATTATTTGAA................................................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ...............................................................................................................TAAATAGATCGCTAGTTGTGCTCCCGAC................................................................................................................ | 28 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .....................................GCAAGAAAGATTATTTGAAAATGTGATA.......................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ........TATGTGCAAGAAGTGACCGATTA............................................................................................................................................................................................................................ | 23 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ............TGCAAGAAGTGACCGATTACAGTGGG..................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| .................................................................................................TGTTTTAGAGAAATTAAATAGACCGCT............................................................................................................................... | 27 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ............TGCAAGAAGTGACCGATTACAGTGGGC.................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 
| 
TTTCGATTATACACGTTCTTCACTGGCTAATGTCACCCGTTCTTTCTAATAAACTTTTACACTAAATGCAATTTCAAATTTAACCGTTTCCATATTTACAAAATCTCTTTAATTTATCTAGCGATCAAGACGAGGGCTGTAAATTTTTTTTTGTCAACATTCTAACTGATTGTGAAAAAGCGTGAAATTTGAAAAAACATCGAACTACGTCAACAAACTCTCGCCTTAGGATCTATTTTACTGGCGACGGC
 ********************************************************************************************************************........(((...(((((((...(((......(((((...))))).......))))))))))..)))..*****************************************************************  | 
	Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M055 female body  | 
	GSM1528801 follicle cells  | 
	V107 male body  | 
	M057 embryo  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .......................TGGCTAATGTCACCCGTTCTTTCT............................................................................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 20 | 0.30 | 6 | 0 | 6 | 0 | 0 | 
| .................................................................................................................TTATCTAGCGATCAAGACGAGGGCTGT............................................................................................................... | 27 | 0 | 20 | 0.20 | 4 | 0 | 4 | 0 | 0 | 
| ...............................................AAAAAACTTTTACACTAAATGCAATTT................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 20 | 0.15 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................TTCACTGGCTAATGTCACCCGT................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 
| .........................................................................................................................CGATCAAGACGAGGGCTGTA.............................................................................................................. | 20 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 1 | 1 | 
| .................................................................................................................TTATCTAGCGATCAAGACGAGGGC.................................................................................................................. | 24 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .........................................................................................................................AGATCAAGACGAGGGCTG................................................................................................................ | 18 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .....................................................................................................................CTAGCGATCAAGACGAGGGCT................................................................................................................. | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ................................................................................................................TTTATCTAGCGATCAAGACGAGGGC.................................................................................................................. | 25 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 
| ........................GGCTAATGTCACCCGTTCTTT.............................................................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ..............................................................................................................AATTTATCTAGCGATCAAGACGA...................................................................................................................... | 23 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| .............................................TAAATAAACTTTTACACTAAATGCAATTT................................................................................................................................................................................. | 29 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ..................................................AAACTTTTACACTAAATGCAATTT................................................................................................................................................................................. | 24 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ...........................................................................................................TTTAATTTATCTAGCGATCAAGACGAGGGCTG................................................................................................................ | 32 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ........................GGCTAATGTCACCCGATCTTTCTAAT......................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 
| ................................................................................................................TTTATCTAGCGATCAAGACGAGGGCT................................................................................................................. | 26 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ................TCTTCACTGGCTAATGTCACCCGTT.................................................................................................................................................................................................................. | 25 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| ........................GGCTAATGTCACCCGTTCTTTCTAAAAA....................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 
| Species | Coordinate | ID | Alignment | 
|---|---|---|---|
| droEre2 | scaffold_4845:2180304-2180554 - | der_1019 | AAAGCTAATATGTGCAAGAAGTGACCGATTACAGTGGGCAAGAAAGATTATTTGAAAATGTGATTTACGTTAAAGTTTAAATTGGCAAAGGTATAAATGTTTTAGAGAAATTAAATAGATCGCTAGT-------TCTGCTCCCGAC--------------------------------------ATTTAAAAAAAAACAGT-----T-GTA-------------AGATTGACTAACACTT-TTTCGCACTTTAAACT----TTTT--------TGTAGCTTGATGCAGTTGTTTGAGAGCGGAATCCTAGATAAAATGACCGCTGCCG | 
| droYak3 | 2R:311921-311991 + | TTT-AA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AC----------------------------------------------------------------ATTTTTTTT--------TTTAGCTTGATGCAGTTGTTTGAGAGCGGAATCTTAGATAAAATGACCGCTGCCG | |
| droSec2 | scaffold_63:94178-94271 - | TTT-AA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAAAAGCAGG-----TGATTAA----------CAAATTT----------------------CACCA----TTTT--------TGTAGCTTGATGCAGTTGTTTGAGAGCGGAATCCTAGATAAGATGACCGCTGCCG | |
| droSim2 | 2l:21501463-21501556 + | TTT-AA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAAAAACAGG-----TGATTAA----------CAAATTT----------------------CACAA----TTTT--------TGTAGCTTGATGCAGTTGTTTGAGAGCGGAATCCTAGATAAGATGACCGCTGCCG | |
| dm3 | chr2L:22189925-22189995 - | GCA-TC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AACA----TTTT--------TGTAGCTTGATGCAGTTGTTTGAGAGCGGAATCCTAGATAAGATGACCGCTGCCG | |
| droEug1 | scf7180000408879:5497-5580 + | ACT-AA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTACTTAT-------TT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TA----TTTTTGATCTCATTTAGCTTGATACACTTGTTTGAGGGAGGAATTATAGAGAAGATGTCAGCAGCTG | |
| droBia1 | scf7180000297427:65872-65930 + | TT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CT--------TGTAGCCTCATGCACTTGTTTGAAGGAGGAATCCTAGAAAAAATGACCACCGCCG | |
| droTak1 | scf7180000414160:5504-5582 + | ACG-TT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCCTTG-CAAAA----CTTG--------TTTAGCCTGATGCACTTGTTTGAAGGAGGTATTCTGGAGAAGATGACCACTGCCG | |
| droEle1 | scf7180000490107:20946-21020 - | CAC-CT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTTCTCCAT---------AAAA--------TCCAGCCTCATGAACTTGTTCGAGGGAGGAATCCTAGAGAAGATGACCACTGCCG | |
| droRho1 | scf7180000778220:22178-22289 - | TTT-AA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAGTAACAAG-----TTCTTCC-----------AAATTTACTTTAGCT--TTTTTCTCCGT-AAAA----TTAT--------TTCAGCCTCATGCACTTGTTCGAGGGAGGAATCCTAGAAAAGATGACCACTGCCG | |
| droFic1 | scf7180000454069:8559-8697 - | AAA-AT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACATAAATTTATGAATTTACTCTTGGT--------------------------------------TTTTTCAAA-------------------AATACCTTGGC-----CTGCCAATAATTGTTTAATTCCTT-ATTC----TCTT--------GTTAGCCTTATTCACTTGTTTGAGGGAGGAATCCTCGAAAAGATGACAACTGCCG | |
| droKik1 | scf7180000301643:20872-20973 + | ATTTCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATAATACAAATATTTTGATTAACTCTCTTGGC------------------------------AAAC----TTGT--------TCAAGCCTTATGCACTTGTTTGAAGGCGGTATTCTTGAAAAGATTACCAGTGCTG | |
| droAna3 | scaffold_12422:86616-86759 + | ACA-AA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGGTTGT-------CCCTTTTTAGACAGCTTAAACGAAGTGTATGTAATGAAAAAAATTTTGTTTCTTTAATA-------------------ACTTTCTTGAC-----TT-------------------------------ACTA--------TTTAGTCTCATGCATCTATTTGAAAGTGGAATTCTAGATAGGATAACAACAGCAG | |
| droBip1 | scf7180000395763:2482-2534 + | -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAGTATCATGCATCTGTTTGAAAGCGGAATTCTAGACAGGATAACTATAGCAG | |
| dp5 | 4_group5:40267-40326 + | TC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCC--------TGCAGCCTCATCCATTTGTTTGAGGGTGGAATCCTGGACAAAATGACCACCGCAG | |
| droPer2 | scaffold_5:4540972-4541031 + | TC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCC--------TGCAGCCTCATTCATTTGTTTGAGGGTGGAATCCTGGACAAAATGACCACCGCAG | |
| droWil2 | scf2_1100000004521:6837475-6837545 + | CTC-TA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA----------------------------------------------------------------ATTGTATCT--------TACAGTCTAATGCATTTATTTGAGGGCGGTATATTGGACAAAATGACAACAGCTG | |
| droVir3 | scaffold_12963:2551682-2551742 + | CTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCT--------TCTAGTTTGATGCATCTGTTTGAAGGCGGCATTTTGGAAAAGATGACAACCGCTG | |
| droMoj3 | scaffold_6473:12576701-12576760 - | ATT-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATTGAAATACATATTTGCAAAGGCGTGGCAAATGGGGAAAAACTAAATAGATTG | |
| droGri2 | scaffold_15252:2164059-2164140 + | TTA-AA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCA-----------------------------------------------------------------------GACTTTTC-----CGA--------------------------------------------TTAT----CAGC--------TTAAGCTTAATGCATTTGTTTGAGGGCGGCATACTGGACAAGATGACAACGGCTG | 
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droEre2 | 
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| droYak3 | 
  | 
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| droSec2 | 
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| droSim2 | 
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| dm3 | 
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| droEug1 | 
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| droBia1 | 
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| droTak1 | 
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| droEle1 | 
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| droRho1 | 
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| droFic1 | 
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| droKik1 | 
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| droAna3 | 
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