ID:dan_2980 |
Coordinate:scaffold_13340:8569304-8569454 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -26.4 | -26.4 | -26.3 |
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CDS [Dana\GF18038-cds]; exon [dana_GLEANR_19299:1]; intron [Dana\GF18038-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CCCTCCTACAATGCCATCAGCAACATGCCTGTAAACGAGACTACATCCAGGTATGTAACACCCTTCGGGCTACCCCGCGAATGAGTGTTTTGTAACTCACTTAAGTGATATGGAACTCATAGAGCGCCTTTATGACTCTACGATTTCACGTGTTTAAAACGGTTACCTAATTTCTTAGAAGTATTTTTATCACCTTAATAAATTGTACTGGTATCTTGCCATTGACCCGCCAATCAACTTTATAGCCATTA **************************************************....(((((......((((....))))....(((((........))))).......(((((((((.((.(((((((......)).))))).)).))).)))))).......)))))...(((((...)))))...................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M058 embryo |
M044 female body |
V039 embryo |
V055 head |
V105 male body |
V106 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .......................CATGCCTGTAAACGAGACTACATCC........................................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........................GCCTGTAAACGAGACTACATCC........................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........AATGCCATCAGCAACATGCC.............................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............CCATCAGCAACATGCCTGC........................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .....................AACATGCCTGTAAACGAGACTAC............................................................................................................................................................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................ATCAACATGCCTGTAAACGAGACC................................................................................................................................................................................................................. | 24 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .....................AACATGCCTGTAAACGAGAC.................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................TGTAAACGAGACTACATCCAG......................................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................AACGAGACTACATCCAGTTCT..................................................................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................AGCAACATGCCTGTAAACGA..................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ................TCAGCAACATGCCTGTAAACGAGA................................................................................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...TCCTACACTGCCATCAGCAACA.................................................................................................................................................................................................................................. | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ......................ACATGCCTGTAAACGAGACTACAT............................................................................................................................................................................................................. | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........AGGCCATCAGCAACATGCCTGTAAACGA..................................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................GCAACATGCCTGTAAACGAG.................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........................................................................CCGCGAATGAGTGTGTAGGAACT.......................................................................................................................................................... | 23 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| .........................TGCCTGTAAACGAGACTACATCCAGT........................................................................................................................................................................................................ | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ............GCCATCAGCAACATGCCTGT........................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................GCAACATGCCTGTAAACGAGACTACATCC........................................................................................................................................................................................................... | 29 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................CAGCAACATGCCTGTAAACGAGA................................................................................................................................................................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .CCTCCTACAATGCCATCAGC...................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................GCGCCTTTATGACTCTACGATTTCACGT.................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..CTCTTACAATGCCATCAGCAACATGCC.............................................................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................AACATGCCTGTAAACCACACTACATCCC.......................................................................................................................................................................................................... | 28 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................CGAGACTACATCCAGTTCTGGA.................................................................................................................................................................................................. | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................AGCAACATGCCTGTAAACGAGAC.................................................................................................................................................................................................................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....CCTACAATGCCATCAGCAACATGCCTGT........................................................................................................................................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................TGTAAACGAGACTACATCCAGC........................................................................................................................................................................................................ | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............CATCAGCAACATGCCTGTAAACGA..................................................................................................................................................................................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................................TGCCACCTTAATAAATTGTACG.......................................... | 22 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....CTACAATGCCATCAGCAACA.................................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........ATGCCATCAGCAACATGCCTGT........................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................AGCAACATCCCTGTAAACGAGA................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................AGACTACATCCAGTTCTGGA.................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 6 | 0.33 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .................................................................................................................................................................................GAAGTATTGTTATCACGTA....................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................GAAGTATTATTATCAACTC....................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
|
GGGAGGATGTTACGGTAGTCGTTGTACGGACATTTGCTCTGATGTAGGTCCATACATTGTGGGAAGCCCGATGGGGCGCTTACTCACAAAACATTGAGTGAATTCACTATACCTTGAGTATCTCGCGGAAATACTGAGATGCTAAAGTGCACAAATTTTGCCAATGGATTAAAGAATCTTCATAAAAATAGTGGAATTATTTAACATGACCATAGAACGGTAACTGGGCGGTTAGTTGAAATATCGGTAAT
**************************************************....(((((......((((....))))....(((((........))))).......(((((((((.((.(((((((......)).))))).)).))).)))))).......)))))...(((((...)))))...................************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V055 head |
M058 embryo |
V039 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...................................................................................................................................................................................................................AGAGAACGGCAACTGGGCG..................... | 19 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................................................CACAAAACATTGTCTGAAT.................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| ..........................CGGACTTTTGTTCTGATGT.............................................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| .................................TTGCCCGGATGTAGCTCCA....................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................AAAAATAGTGGGGTTATTT................................................. | 19 | 2 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| ...............................................................................................................................................................CCCAAGGGACTAAAGAATC......................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droAna3 | scaffold_13340:8569254-8569504 + | dan_2980 | CCCTCCTACAATGCCATCAGCAACATGCCTGTAAACGAGACTACATCCAGGTATGTAACA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCTTCGGGCTACCCCGCG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATGAGTGTTTTGTAACTCACTTAAGTGATATGGAACTCATAGAGCGCCTTTATGACTCTACG-------ATTTCACG--TGTTTA--------------------------AAACGGTTACCTAATTTCTTAGAAGTATTTTTATCACCTTAATAAATTGTACTGGTATCTTGCCATTGACCCG------CCAAT-----------------------CAACTTTATAGCCATTA |
| droBip1 | scf7180000396708:268896-269120 - | CCCTCCTACAATGCCATTAGCAACATGCCCGTAAATGAAACTACATCCAGGTATGTAATG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCATCAGACCACACTGCG-TATGAGTGATACGTAACTCATAGCGCTTC---------------------------A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATCACACCATA-------AGGACACC------TA--------------------------AAAAAATTACCTAATTTCTTACGAGTATTCTTATCACCTTAATAAATGGTACTGATAT-TTCCCATTGACCCG------TCAAA-----------------------CCAATTTATAGCCATTA | |
| droKik1 | scf7180000302388:1503884-1504140 - | CCCAGCTACAATGCCATCAGTAACATGCCCGTAGATGAAACTGCCTCCAGGTTGGTTTTT---GGGGGAGGGGAGAAGTGTGGGATA----TTGG---------GAAATAA-TTTTAGTAATATTT-C-----------ATTCACAGATTGATAGGTGATCCTTCTTAAAGGTTGATAGAAGTTCTATAGCTTATACTTCG-------ATATTAATTCTTATTACATATTTTGGTTAATTTTTTATAGGCTTAAAATTATGG-CTTTACTTGCGACTTTATCTATT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTAATA | |
| droFic1 | scf7180000454106:716503-716781 + | CCCAGCTACAACGCCATCAGCAACATGCCAGTGAACGAGACTGCCTCCAGGTGGGTACCTTTTCGGGG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AT-----------------------------------------------------------------------TTACTTCC------------------TTTTTGGGTTTCGCAATTAAAGGGGTTTCTCCTATTCATATATAT------TTTTAATAGT-----TATTTGAAAGGAGGTTATATAATT-------------------------------------------------------------------------------TAAAATTTCTTTTTATGGAACGATGAC-------TTTAAA--TTTATGATAAGCATACCAA---TCTTTAGGGT------------GGTTGCACAGAAACACATTTATGGCTT---------------------------------TCATATGGCTATCAGTACTTTGAAT---------------TC----ATATAA | |
| droEle1 | scf7180000491212:1997584-1997781 + | CCTTCCTACACGGCCATCAGCAATATGCCTGTGAACGATTCTGCCACCAGGTTGGTATTATA--GAAG----------------TTT----TAAA---------AAATTAA-TTGAAAAAAAATTT-CTC-CTATTCA----------------------------------GTGCTGACAGTA---------------CAACAAATATTATTAAAAATAAATACAATT-C--------CTTCTATAAACTATGTATTATAG-AATTTATTGC-------------------------------------------------------------------------------A-------------------------------------------------------A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAAAATATAGAAATAG | |
| droRho1 | scf7180000779489:39051-39269 - | CCCTCTTACAATGCCATCAGCAACATGCCCGTGAACGAGACTGCATCCAGGTGGGTACATTTTGGGGG----------------TTGCCTTTATATAATATGTTATGTAATTTCGGTAGAA-GTTTCC-CCTTGTTCTCAT----------------------------------------------------------CTTTAGTAAAGGTTTAATATTTTTACAGTT-T--------TGGTTGAGGGCTTTGTACTTTATTAATTGATTGC-------------------------------------------------------------------------------A-------------------------------------------------------AATTATGAAACTGC--------------------------------------------------------------A----------------------------------------------------------------------------C----------------------------------------------------------------------------------TTTTATGGTTATGA | |
| droBia1 | scf7180000302402:6535060-6535349 - | CCCAGCTACAATGCCATCAGCAACATGCCGGTGAATGAGACTGCCTCCAGGTTGGTGCCCCCTC-----------------------------------------------------------------------TCTAAT----------------------------------------------------------CT-----------------------------------------------------------------------T-------------------TATTAGTTTTCGC--------GGCTTTCTCGTTTGCAGTAATATAATGAGGTTTTATATT-----AATTTATATGCCGGTTACATAATTAT-----------------------------------------------------------------------------------ACTTGGTTATGCAACCGCTACTTTTGATATCAGGAGTTTATGGTTAGCTAGCTAGCTAAGTTTACGAT------------A---TCAGT-GAATACGATTAATGCCT---------------------------------GCAGATA-CTAACAT---AAAGAAGTCATAAATTAGAGTTTTAAAGCCGATA | |
| droTak1 | scf7180000415711:1571347-1571404 - | CCCAGCTACAATGCTATCAGCAACATGCCCGTGAATGAGGCTGCCTCCAGGTTGGTAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droEug1 | scf7180000409490:876832-877046 + | CCCAGCTATAATGCTATCAGCAACATGCCTGTGAACGAGACTACCTCCAGGTTGGTATTCTA-----------------------------------------------------------------------------ATG-----------------------------------------------GGTA------------------------------------------------------------------------TTACTTCTTACCTAAATTCCTTTTTATCTTTGGATTT-----TTAAATGGG---------------------------TTTTATTTTGGGTGAATTTATAGATTCCTTACCTAATTTTAAGCTTTAGTGGTCTACATACATACATCTATGAAACGGC--------------------------------------------------------------AAC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTGACT---------------TTA-GATGATTA | |
| dm3 | chr3R:17572014-17572068 + | CCCTCCTACACTGCCATCAGCAATATGCCAGTAAACACCGCTGCCACCAGGTATG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | 3r:17095583-17095681 + | CCGAGCTACAATGCCATCAGCAACATGCCAGTCGATA------CGAGCAGGTTGGTGATTTC-----------------------------------------------------------------------------ATT-----------------------------------------------ACCA------------------------------------------------------------------------TTACT-----TCAGTTCAAGTGCAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTA---------------------ATTCATTT | |
| droSec2 | scaffold_0:17951515-17951569 + | CCTTCCTACACTGCCATCAGCAATATGCCGGTAAACACCGCTGCCAGCAGGTATG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | 3R:18395452-18395508 + | GCCTCCTACACGGCCATCAGCAATATGCCCGTGAACACGGCTGCCAGCAGGTATGTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4770:17708615-17708671 + | CCCTCCTACACTGCCATCAGCAACATGCCCGTAAACGATGCTGCCAGCAGGTGTGTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | 2:6429957-6430043 + | CCCTCCTACAAGGCCATTAGCAATATGCCCGAGGATGCGGCGGCCACTAGCTCTGGTG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTACCGCCTTCCAGACCACCCCGAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_0:256729-256815 + | CCCTCCTACAAGGCCATTAGCAATATGCCCGAGGATGCGGCGGCCACTAGCTCTGGTG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTACCGCCTTCCAGACCACCCCGAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004943:13952359-13952402 - | CCATCCTACACAGCCATCAGCAACATGCCCGTTAATGAGACTAC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droVir3 | scaffold_13047:9873841-9873902 - | CCCAGCTACAATGCTATCAGCAATATGCCAGTGGATGACTCTAAGACCAGGTTTGTTATG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droMoj3 | scaffold_6540:9493364-9493423 + | CCCAGTTACACAGCCATCTGCAATATGCCAGTGGATGTGGCCAAGTCGAGGTGAGTGCCA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_14906:7559505-7559560 + | CCATCCCACACTGCAATTAGCAATATGCCTGTAGACGAGACTAAATCGACGTAAGT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Generated: 05/18/2015 at 05:58 AM