ID:dan_2622 |
Coordinate:scaffold_13337:13687059-13687209 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -9.6 | -9.4 | -9.3 |
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CDS [Dana\GF10495-cds]; exon [dana_GLEANR_10449:3]; intron [Dana\GF10495-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## ATTCCAAAGTAGAAGTTGATGCGCTCGCCTAGAATTTGTGACTAAAACTAATCCGTCCCCACTCCCCCGCCCCGACTTGTGACTAACCCGAAATCATTCCCATGCATTAGCAAATAGAAACTAGCCAAGTAGCTGCTAACCAAAAGTAACCAGAGATAGAGACAAAAAAAAAAACGACAAAAAACCCACTTTCGTTTGCAGAATTCAGAAGCAGAGGCTGATTAAATTTCCGGAGGAATTCGAGGCCAATG **************************************************....(((....(((...(((........))).....................(((....))).........((((......)))).................))).....)))........((((((..............))))))....************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M058 embryo |
V055 head |
M044 female body |
V105 male body |
V106 head |
V039 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ......................................................................................................................................................................AAAAAAAACCACAAAAAACCCAC.............................................................. | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................AAAAAAGAAAACGACAAAAACCC................................................................. | 23 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................TGTGTCTAACCTGAAACCATTCCC...................................................................................................................................................... | 24 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................GGACTAATACTAATCGGTC.................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 6 | 0.83 | 5 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................GACTAATACTAATCGGTCG................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 11 | 0.64 | 7 | 0 | 2 | 0 | 4 | 1 | 0 |
| ....CAAAGTAGAACTTGATGC..................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................TTTGTGCCTAACACTAACCCGT................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................AAAACTGATCCGGCCCCAC............................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................TGATAGAGACAAAAAAGAAAA............................................................................. | 21 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ........................................................................................................................................................................AGAAAACGACAAAAAACC................................................................. | 18 | 1 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................................................................ATTTGCGGAGGATTTCGAGGC..... | 21 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................AAAAAAAAAACGACAAAAAA................................................................... | 20 | 0 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................GGACTAATACTAATCCGT................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................AAAAAAAAAACGACAAAAA.................................................................... | 19 | 0 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................GAGACAAAAAAAAAAGCGGC......................................................................... | 20 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................AGAGACAAAGAAAACAACGACC........................................................................ | 22 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .......................................GACTAATACTAATCTGTCG................................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ..GCCAGAGTAGAAGTAGATGC..................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................AGACTAAAAAAAAAACGA.......................................................................... | 18 | 1 | 11 | 0.09 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....................................................................................................................................................................AAATAAAAGACGACAAAAACCC................................................................. | 22 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..................................GTTGTGACCAAAACTAAT....................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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|
TAAGGTTTCATCTTCAACTACGCGAGCGGATCTTAAACACTGATTTTGATTAGGCAGGGGTGAGGGGGCGGGGCTGAACACTGATTGGGCTTTAGTAAGGGTACGTAATCGTTTATCTTTGATCGGTTCATCGACGATTGGTTTTCATTGGTCTCTATCTCTGTTTTTTTTTTTGCTGTTTTTTGGGTGAAAGCAAACGTCTTAAGTCTTCGTCTCCGACTAATTTAAAGGCCTCCTTAAGCTCCGGTTAC
**************************************************....(((....(((...(((........))).....................(((....))).........((((......)))).................))).....)))........((((((..............))))))....************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V055 head |
|---|---|---|---|---|---|---|
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| ....................................................GGCAAGGGTGAAGTGGCGGGG.................................................................................................................................................................................. | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 |
| ...............................................................................................................................TCAGAGACGATAGGTTTTCAT....................................................................................................... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 1 |
| .........................................................................................................................................TTGGTGTTCATGGGTTTCTA.............................................................................................. | 20 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droAna3 | scaffold_13337:13687009-13687259 + | dan_2622 | ATTCCAAAGTAGAAGTTGA---TGCGCTC--GC-------CT-AGAA--TTTGTGACTAAAACTA-ATCCGTCCCCACTCCCC-CGCC--CCGACTTGTGAC--TA-----------ACCCG-A--A--AT---------------------------------CAT----------------------------------------------------------TCCCATGC---ATTAG------CAAATAGAAACTAGCCAAGTAGCTGCT------AACCAAAAGTAACCA------GAG--ATAGAG--------ACAA---------AAAAAAA-AACGACAAAA-AAC-CC-ACTTTCGTTTGCAGAATTCAGAAGCAGAGGCTGATTAAATTTCCGGAGGAATTCGAGGCCAATG--- |
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| droEug1 | scf7180000409711:403984-404224 + | ATTTC-AAGTAGAAGTTGA---TGCGCTC--GC-------CT-AGAA-CTTTGTGACTAAACCCCAAA----------------AGCC--CTGACTTGTGAC--TA-----------ACCCT-A--AAACT---------------------------------CATTGCCCC------CA--CAACCC------AACAAC--AACACAT---------------TCCCCTGC---ATTAG------CAACTAAAAGCTA-------------------------ACTTCACCAA------CAG--AGAGAG--------ACCA---------CCAAACAAAA-----------C-CC-ACTTTCGTTTGCAGAATACAGAAGCAGCGGCTGATCAAATTTCCCGAGGAGTTTGAGCCCAATGGGG | |
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| droSec2 | scaffold_0:8996437-8996671 - | ATTCC-AAGTAGAAGTTGA---TGCGCTT--GC-------CT-AGAA-CTATGTGACTAAACCGA-AA-------------AA-AGCC--CAGACTTGTGAC--TA-----------ACCCC-G--ATACT---------------------------------CATTCCCCT------CC--A--CCC------AACA-----ACACAT---------------TACCCTGC---ATTAG------CAACTAGAAGCTA-------------------------ACTCCACCAA------CAG--ATAGAG--------ACCA---------CCAAACAAAC-----------C-CCACCTTTCGTTTGCAGAATTCAGAAGCAGCGGCTGGTCAAATTTCCCGAAGACTTTGAGCCCAATG--- | |
| droYak3 | 3L:17140496-17140730 + | ATTCC-AAGTAGAAGTTGATGATGCGCTT--GC-------CT-AGAA-CTATGTGACTAAACCCA-AA----------------AGCC--CAGACTTGTGAC--TA-----------ACCCC-A--AAACT---------------------------------CATTGCCCT------CC--G--CCC------AACC-----ACACAT---------------TTCCCTGC---ATTAG------CAACTAAAAGCAA-------------------------ACTCCACCAA------CAG--A--GAGACA----GA------------CCAAACAAAC-----------C-CCACCTTTCGTTTGCAGAATTCAGAAGCAGCGACTGATCAAATTTCCCGAAGACTTTGAGCCCAATG--- | |
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| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droAna3 |
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Generated: 05/18/2015 at 04:59 AM