ID:dan_2213 |
Coordinate:scaffold_13137:1285839-1285989 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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exon [dana_GLEANR_2201:1]; CDS [Dana\GF19641-cds]; intron [Dana\GF19641-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TCTCTATTTCCCTCGAGATCGTATGATCCGTACATCCGTCGCTACGATAGGTAAACTTAAACTTTAGCTATAAATAGACAACTAGGAAAAATGCCCCGCAGCACTAACCATACAACATATAGACTTCTCATTTGATACAACGAAAAATGATGCAACAATTTCTTGCGACAGGCCCCAGCAGGCCGCAGAGGGAATCTTACTCTCATTCTCCTTTCTCTTTTTTAAATGATTAAACATTTACATAAATGTTA *********************************************************************************************************......................((((((...........))))))..........******************************************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M058 embryo |
M044 female body |
V039 embryo |
V106 head |
V055 head |
V105 male body |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................................................ATACAACGAAAAATGATGCAACAATT........................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................GATACAACGAAAAACGATGCAT................................................................................................ | 22 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................ACATATAGACTTCTCATTTGATACA................................................................................................................ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................TTAAATGATGAAACATTTACC......... | 21 | 2 | 4 | 0.75 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................GGAATTTTACCCTTATTCTCC........................................ | 21 | 3 | 6 | 0.67 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......TTCCCTCAGGATCGTATGA................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .............................................................................................................................................................ATTTCTTGCGACAGGCCCC........................................................................... | 19 | 0 | 20 | 0.35 | 7 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................GGAATTTTACTCTTATTCTCCA....................................... | 22 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................TTCTTGCGACAGGCCCCAGCA....................................................................... | 21 | 0 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................TTAAATGATGAAACATTTACCC........ | 22 | 3 | 20 | 0.20 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................TTCAATGATGAAACATTTAC.......... | 20 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................AACCATACAACATATAGACTT............................................................................................................................. | 21 | 0 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 |
| ............................................................................................................................................................AATTTCTTGCGACAGGCCCC........................................................................... | 20 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................ATTTCTTGCGACAGGCCCCA.......................................................................... | 20 | 0 | 17 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................AGAATTTCTTGCGACAGGC.............................................................................. | 19 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................TACAACATATAGACTTCTCAT........................................................................................................................ | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................ACAACATATAGACTTCTCATT....................................................................................................................... | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................CTACAACATATAGACTTCTCAT........................................................................................................................ | 22 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................TACAACATATAGACTTCTCATT....................................................................................................................... | 22 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................CTAACCATACAACATATAGACT.............................................................................................................................. | 22 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................ATACAACATATAGACATCTCATT....................................................................................................................... | 23 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................AACCATACAACATATAGACTTCTCATTT...................................................................................................................... | 28 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................TAACCATACAACATATAGACT.............................................................................................................................. | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ........................................................................................................TAACCATACAACATATAGACTTC............................................................................................................................ | 23 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................GGATTTCTTGCGACAGGCCCC........................................................................... | 21 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................CCATACAACATATAGACTTCTC.......................................................................................................................... | 22 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
AGAGATAAAGGGAGCTCTAGCATACTAGGCATGTAGGCAGCGATGCTATCCATTTGAATTTGAAATCGATATTTATCTGTTGATCCTTTTTACGGGGCGTCGTGATTGGTATGTTGTATATCTGAAGAGTAAACTATGTTGCTTTTTACTACGTTGTTAAAGAACGCTGTCCGGGGTCGTCCGGCGTCTCCCTTAGAATGAGAGTAAGAGGAAAGAGAAAAAATTTACTAATTTGTAAATGTATTTACAAT
*******************************************************************************************......................((((((...........))))))..........********************************************************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V105 male body |
V055 head |
M044 female body |
V106 head |
M058 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............................................................................................................................................................................GTCGTCCGGCGTCTCCCTTAGAAT.................................................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................GAATGAGAGTAAGAGGGA...................................... | 18 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................GGGCCGTGGGGATTGGTATG.......................................................................................................................................... | 20 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................GAAGAGTAAACTATGTTGCTT........................................................................................................... | 21 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................................................................TGATTGGTATGTTGTATATCT................................................................................................................................ | 21 | 0 | 20 | 0.45 | 9 | 6 | 0 | 0 | 3 | 0 |
| ................................................................................................................GTTGTATATCTGAAGAGTAAA...................................................................................................................... | 21 | 0 | 20 | 0.35 | 7 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................CTTAGCTTGGGAGTAAGAGGAA...................................... | 22 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................AGTAAGAAGCAAGAGAAAA.............................. | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..........................................................................................................TGGTATGTTGTATATCTGAAG............................................................................................................................ | 21 | 0 | 20 | 0.15 | 3 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .............................................................................................................................................................................................................AAGAGGAACGAGACAAAAT........................... | 19 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............TGCTCTAACATACTAGGTAT........................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................AGAGTGTGACGAAAGAGAAAA.............................. | 21 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................AAGAGAAAAGAGAAAAAATTG......................... | 21 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................GATGTTGTATATCTGAAGAGT......................................................................................................................... | 21 | 1 | 20 | 0.10 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................AAGAGTAAAAGGCAAGAGAAAA.............................. | 22 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................TAAAGAACGCTGTCCGGGGTC......................................................................... | 21 | 0 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................TTGTATATCTGGAGAGTAAA...................................................................................................................... | 20 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................TGATTGGTATGTTGTATATC................................................................................................................................. | 20 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................CGTGATTGGTATGTTGTATAT.................................................................................................................................. | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................AGAGGAAAGAGAAAAAAA........................... | 18 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................AGAGGAAAAAGAAAAAATATA........................ | 21 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................TGGTATGTTGTAAATCTGAAG............................................................................................................................ | 21 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................ATTGGTATGTTGTATATCTGA.............................................................................................................................. | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................GGTATGTTGTATATCTGAA............................................................................................................................. | 19 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................ATGTTGTATAGCTGAAGAGTAA....................................................................................................................... | 22 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droAna3 | scaffold_13137:1285789-1286039 + | dan_2213 | TCTCTATT---T-----------------CCCTCGAGATCGTATGATCCGTACATCCGTCGCTACGATAGGTAAACTTAAACTTTAGCTATAAATAGACAACTAGGAAAAATGCCCCGC--------------AGCACTAACCATACAACATATAGACTTCTCATTTGATACAACGAAAAATGA-------------------------------------------------------TGCAAC--AATTTCT-----------------------------TGCG-----------------------ACAGGCCCCAGCAGGCCGCAG--AGGGAA-TCTTACTCTCATTCT-----CC-T-------------------------------------------------------TTCTCTTTTT--T-----------------------------AAATGA------TTAAA--------CATTTACATAAATGTTA |
| droBip1 | scf7180000395885:28178-28364 - | TTAATGCTTCGT-TAAA---------------------------------------------------------------------------AATAAATGAG--------TTGACCAAA--------------AGCACTAACCATACAGCATATAGACTACCCATTTCATACAACGAAAATGGA-------------------------------------------------------CGTAAA--AATTTCT-----------------------------TGCG-----------------------ACAGGCTCCAGCAGGCCCCAG--AGCGAGATCTTACTCTCTTACT-----TACG-------------------------------------------------------C--TCATCTG--T-----------------------------AGTTGA------TCTTT--------CGCTCATATTCTCATTG | |
| droKik1 | scf7180000301666:41904-42106 - | AAATTCAATTTT-----------------TAATT-------------------------------------------------------TTAAATAAATCATTCGTTAAAAGACTATAC--------------ACTATACACTATACACT-----------------------AACAGAAAAACTACCGCAAGGACATCATTTC----------------------------------------------TTAT-----------------------------GGGA-----------------------TTAGGTTGAAGCCTGCCTCAA--CGGTAA-TT--------TTTAAAA------T--------------------------ATTTTTTG-------------------------------TT-CAAATTTTTACACAATGTAGTTCAAACCT-TA---------TATTT--------TTATGTACAATAAATGA | |
| droFic1 | scf7180000453158:6122-6278 + | ACATAAC-GTAT-----------------TTACTTATACC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGTACTGAAAAAACTGA---CTCT------------------------------------------------C-ATAT--CTATGTC--------------------------GCAGGTC-----------------------TCTG-----AGCAGACCT-GG------TA-GTAAAAGAAAACCTT------ACTGCTTTGCAAAAATCCTCGACCTCC--------------C----------------A--TCATTTT--T-----------------------------AAATGA------TT-----------AGGTTTCGTGTATTTTG | |
| droEle1 | scf7180000488765:256-454 + | TTAAATT-TCATCA--------AAAGCGGACGACTATATCATATAGCTCCCAT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGAAATAATAAAAATATATAA-AATAACTATCTAATATTTGAGCTGCAATTAAATCTAATGTTTTCAAAAGTATT--CAATTCT-----------------------------TGCA-----------------------ATAG-----------CTGC-----AAGGG-TTTTGCTTTCTTTCT-----TG-------------------------------------------------------------------TT-TAA---------------------------TTTTTTTTTAGTT-----TTTCGACATATA-GTAATGGTTA | |
| droRho1 | scf7180000777007:342-553 + | ACCCCAA-TAACCGTCGT------T--------GCGGGGCTTA------------------------------CATATAAAATT-----------------------------TAAATTAGCAAGACTAGCATAGCACTTACCGTAGAACATATAGACTGGTCATTTCATACAACGAAAATGGT-------------------------------------------------------CACAAA--AGTTTCAAGTCGGGAGGCCCCACAGCTGGTAGCG---------------------------------------GCAGGCCCCGG--A---CA-CTTCGTGTGCCTTCGGG------T--------------------------TTTTTTCGCTCTCATT-CC----------T----------------------------------------------A--------------------------TTCTCATTTT | |
| droBia1 | scf7180000296986:14020-14104 - | TTTAGAA-ATAAGC---------------------------------------------------------------------------------CAATAATCATGAAAAATGCGAGAT--------------TTTAAGAATAAAACAATAAATGCATTTTTTTTTAAATA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAATGAAAAA | |
| droTak1 | scf7180000415779:747271-747380 - | TTATTTTTGGGT-----------------TCACCGG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAACAA-------------------------------------------------------AGTAAG--CAATTTT-----------------------------TGCG-----------------------TTAC-----------A--CCG--AAAAAC-TT-------------------------------------T----------------------CA-ATC-TTCCCATTTTTTCT---------------------------------------CT---------TTTTTTATATAGATGTTTG-AGCAAAGTTC | |
| droEug1 | scf7180000409884:4335-4455 - | CGAAAAA-TAATCTTAG-----------------AACGTCTT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTT--------------------------GAAGTGC-----------------------TCAG-----AATATTGT-CAAT-AGTAAA------------------------T------------TTTCCTAACTGT--------------CATT-TT----------TTTTATTA--TT-TAA---------------------------ATTTGTATCATTT-----TTAT--CACTCG-TGAAATGGGA | |
| dm3 | chrX:16160057-16160113 - | CCCCCGATGTAC-----------------CCGTCCAGGTCCTACGATCCCTATATTCGCCGCTA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGACAGGTGA | |
| droSim2 | x:15264349-15264405 - | CCACCGATGTAT-----------------CCATCCAGGTCCTACGATCCCTATATTCGCCGCTA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGACAGGTGA | |
| droSec2 | scaffold_47:208302-208358 - | CCACCGATGTAC-----------------CCATCCAGGTCCTACGATCCCTATATTCGCCGCTA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGACAGGTGA | |
| droYak3 | 3L:23908748-23908831 - | GCAACAG-GTATCAGAGA------A--------TCGGGGAACTCGACTATAGCATTCTCTGTTA-----------------------------------------------------------------------------------TAAATGTGAACTATAAATTCTAT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATCTTCTTGTTT | |
| droEre2 | scaffold_4784:29317-29440 - | TTTAAAA-CAATAAAAAT------T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A-------------------------------------------------------CAAAAA--AATCGAA-----------------------------TGCG-----------------------GGATGATTCAGCCCACTGATA--CGAGG--CTTTACTATCAAGTG-----CA-T------------TTTTCTTACTGTACTTATATCGTTTTTATA---------------------------------------------------------TTTA--------------------------TGTCACTTTT | |
| dp5 | XR_group8:1248293-1248480 - | TAAAAAA-AATAACTTTTTCCCGCATCGCAC------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAGCATACAGCATACGAGCTACATATA-----------------------------------------CTTGAATTAA---------------------------------------------------------------------AGATTGGTTCAACGCCCTATAGTCGCGTCCTATAGTCGGCTGCAG--TGAGCT-TTCTACAAACATTAAATTATCT-T---------------T----------------------CA-ATT-TAAATAATATA------------AA---------------------------GAATTT------TAAAA--------TAAAAACACAAATTATA | |
| droPer2 | scaffold_55:363929-363998 - | CACCA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCACCATACAGTATTTAGATGTGTCAGTTCATACACCGAACAT-GT-------------------------------------------------------CGCAAACGAACTTTC-----------------------------TG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CG | |
| droWil2 | scf2_1100000004943:6438023-6438114 + | AAATGAT-TTAT-----------------CATTGCATTTTTTAC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TACG------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAG-----------------------CGAAT------------------GGGAAG-CCTTGCTCTCATATT-----CA---------------------------------------------------------T----------AC-----------------------------AATTGT------TTATA--------TACGTAGATATATTTTA | |
| droVir3 | scaffold_13324:1884733-1884829 - | CACTAAC-CAAA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAACATATAGACTGGACAACCCATACAAACAGCGTTGA-------------------------------------------------------CACAAA--AAGTATC--------------------------GGAGGCA-----------------------TCTGGTCCTAACTCGCGAGTA--AGGGAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T | |
| droMoj3 | scaffold_6410:105305-105400 - | AAAATGG-AAAC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATTCTT-----------------------------TTTA-----------------------ACATGCCCTATTTTACCACAGTAATGGCA-TTTTATGTTAATCCT------ACT-------------------------------------------------------T--TTTTCTT--T-----------------------------AAATGA------TCTC------------------TTTTGCAT | |
| droGri2 | scaffold_15074:3523260-3523323 - | ATCTTGTGGTAA-----------------TTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGTTT-------------------------------T----------------------CA-CTT-TACGGCTTTTATTT---------------------------------------AT---------TAATT--------TAATGACAGAAATGAGC |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| droKik1 |
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| droFic1 |
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| droEle1 |
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| droRho1 |
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| droBia1 |
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| droTak1 |
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| droEug1 |
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Generated: 05/18/2015 at 01:42 AM