ID:dan_1480 |
Coordinate:scaffold_13239:489189-489339 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -5.6 |
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CDS [Dana\GF20159-cds]; exon [dana_GLEANR_2416:3]; intron [Dana\GF20159-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## CCCACGAACTACTAGATGACTATGGGAGCCGGGTGGGCTTTCAGATTCGGTTTGAACGCAGTCGCACTCTGCACACCTTTATCACGGAGGGCTTCAAAATTGCCGGTTTTTTTTCAATAGTTTAAGGTTGTAGCTTTTGAAAAAAAATATATCTTCGATTTTTTTAAACAAAAAGGACACAATTTTTACCCCCACAAGTAGGACCGGCCGATAAGGAATCAGCCGAACTACCATACCATCTGTACTTGAGG **************************************************************************************************************(((((((.((((.........)))).)))))))....................**************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M058 embryo |
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V055 head |
V039 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ....................TATGGGAACTGGGTGGGCTTTCAC............................................................................................................................................................................................................... | 24 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...ACGAACTACTAGATGACTATGGGA................................................................................................................................................................................................................................ | 24 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................ATGGGAACTGGGTGGGCTTT.................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................GACTATGGGAGCCGGGTGGGCTTTCA................................................................................................................................................................................................................ | 26 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........TACTAGATGACTATGGGAGCCG............................................................................................................................................................................................................................ | 22 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .................................................................................................................TCAATAGTTTAAGGTTGTAGCTTT.................................................................................................................. | 24 | 0 | 9 | 0.22 | 2 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................TTTCAATAGTTTAAGGTTGTAGCTTT.................................................................................................................. | 26 | 0 | 9 | 0.22 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................AGGGAGCGGGGTGGGCTTT.................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ....................TATGGGAACTGGGTGGGCT.................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................TTGTAGCTTTTGAAAAAAAA........................................................................................................ | 20 | 0 | 20 | 0.20 | 4 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 |
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| .............................................................................................................TTTTTCAATAGTTTAAGGTTGTAGC..................................................................................................................... | 25 | 0 | 17 | 0.12 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .............................................................................................................TTTTTCAATAGTTTAAGGTTGTAGCTTTT................................................................................................................. | 29 | 0 | 9 | 0.11 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ................................................................................................................................................AAATATATCTTCGATTTTTTT...................................................................................... | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
|
GGGTGCTTGATGATCTACTGATACCCTCGGCCCACCCGAAAGTCTAAGCCAAACTTGCGTCAGCGTGAGACGTGTGGAAATAGTGCCTCCCGAAGTTTTAACGGCCAAAAAAAAGTTATCAAATTCCAACATCGAAAACTTTTTTTTATATAGAAGCTAAAAAAATTTGTTTTTCCTGTGTTAAAAATGGGGGTGTTCATCCTGGCCGGCTATTCCTTAGTCGGCTTGATGGTATGGTAGACATGAACTCC
****************************************************************************************(((((((.((((.........)))).)))))))....................************************************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M058 embryo |
V039 embryo |
V055 head |
M044 female body |
V105 male body |
V106 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...............................................................................................................................................................................CTGTGGTAAAAATGGGGTCGT....................................................... | 21 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ...................................................................................................................................................................................................................ATTCCTTAGTCGGCTTGATGGTAT................ | 24 | 0 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................................................................GGCTTGAAGGTATGTTAG........... | 18 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................CGTGTGGAAACAGCGCGTCC................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
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| .....................................................................................................CCACCAGAAAAAAGTTATCA.................................................................................................................................. | 20 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................AAAAAAAAGTGATCAAATTA............................................................................................................................. | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................TTTTTATATAGAAGCTAAAAA........................................................................................ | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................................TTATATAGAAGCTAAAAAAAAT.................................................................................... | 22 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ................................................................................................................................................TTTGTATAGAAGCTAAAAAAA...................................................................................... | 21 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................TTGCGTCAGTGTGCGAGGT.................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................GTTCATCCTGGCCGGCTATTCCT.................................. | 23 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................GCTAAAAAAATTCGTTTTTAC........................................................................... | 21 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................TTTTATATAGAAGCTAAAAAA....................................................................................... | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droAna3 | scaffold_13239:489139-489389 + | dan_1480 | CCCACGAACTACTAGATGACTATGGGAGCCGGGTGGGCTTTCAGATTCGGTTTGAACGCAGTCGCACTCTGCACACC---------TTTATCACGGAGGGCTTC---------AAAATTGCCGGTTTTTTTTCAATAGTTTAAGGTTGTAGCTTTTGAAAAAAAA----TATATCTTCGATTTTTTTAAACAAAAAGGACACAATTTTTACCCCCACAAGTAGGACCGGCCGATAAGGAATCAGCCGAACTACCATACCATCTGTACTTGAGG |
| droBip1 | scf7180000393254:29990-30119 - | CAGGCGTATAA----------------------------------------------------------GGCGTATC---------TTTAA----GCGGATTTT---------AAAATTTCCGACGTT-TTTTAATAGTTAAATGTTGTAGCTTTTGAAAAAAAAAATATATATCTTTAATTAATTAAAACAAAAAGGATGCAATTTGTAC-------------------------------------------------------------- | |
| droKik1 | scf7180000302544:227687-227789 + | CCCACGAGCTGCTGGACGATTATGGCAGCCAGGTGGGCTTCCAGATCCGCTTCGAGCGCAGCCGGACGCAGCGCACCAATATATTGTTCATCACCGAGGGCCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droFic1 | scf7180000454073:1651516-1651625 - | CCCACGAGCTCCTTGACGACTACGGCAGTAAGGTGGCCTTCCAAATTCGTTTCGAACGCAGCCGGACGCAGAGCACCAACATACTTTTCATCACAGAGGGTCTATTGCTG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000490751:1021798-1021900 - | CCCACGAGCTCCTGGACGACTACGGCAGCCGGGTGGCCTTCCAGATCCGCTTCGAGCGCAGCCGGACGCAGAGCACCAACATCCTGTTCATCACGGAGGGCCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000761121:277787-277889 + | CCCATGAGCTCCTGGACGACTACGGCAGCCGGGTGGCCTTCCAAATCCGGTTCGAGCGCAGCCGGACACAGAGCACTAACATTCTGTTCATCACGGAGGGCCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBia1 | scf7180000302069:1226190-1226292 + | CCCACGAGCTCCTCGACGACTACGGCAGCCGGGTGGCCTTCCAGATTCGTTTCGAGCGCAGCCGCACGCAGCGCACCAACATCCTTTTCATCACCGAGGGTCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415169:924899-925001 + | CCCACGAGCTCCTCGACGACTACGGCAGCCGGGTGGCCTTCCAGATTCGCTTCGAGCGCAGCCGCACGCAGCGCACCAACATCCTGTTCATCACCGAAGGTCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409109:76233-76335 + | CCCATGAGCTCCTGGACGACTACGGCAGTCGGGTGGCCTTTCAAATCCGTTTCGAGCGCAGCCGGACGCAGAGTACCAACATACTGTTTATCACCGAGGGCCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chrX:19372503-19372605 - | CGCACGAGCTGCTGGACGACTACGGCAGTCGGGTGGCATTCCAGATCCGATTCGAGCGCAGTCGGACGAAGCTCACCAACATCCTTTTCATTACGGAGGGCTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | x:18262497-18262599 - | CGCACGAGCTGCTGGACGACTACGGCAGTCGGGTGGCCTTCCAGATCCGCTTCGAGCGCAGCCGTACGAAGCTCACCAACATCATTTTTATCACGGAGGGCTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_8:1655295-1655400 - | CGCACGAGCTGCTGGACGACTACGGCAGTCGGGTGGCCTTCCAAATCCGCTTCGAGCGCAGCCGGACGAAGCTCACCAACATCATTTTTATCGCGGAGGGCTTGAA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | X:11963166-11963268 + | CGCACGAGCTGCTGGACGACTACGGCAGTCGGGTGGCCTTCCAGATCCGATTTGAACGCAGCCGGACGCAGCTCACCAACATCATTTTTATCACGGAGGGCCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4690:9611681-9611783 - | CGCACGAGCTGCTGGACGACTACGGCAGTCGGGTGGCCTTCCAGATTCGCTTCGAGCGCAGCCGGACGCAGCTCACCAACATTATTTTTATCACGGAGGGTCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | XL_group1a:5467663-5467800 - | CTCATGAACTGCTAGAAGACTACGGCAGCAAGGTGGGCTTCCAGATTCGATTCGAGAGAAGAAAAACACAGCACACGAACATCCTGTTCATCACGGAAGGCCTGTTACTTCGCCAACTTGCGGTTTCTTCTACCCTAG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_14:2094280-2094410 - | CTCATGAACTGCTAGAAGACTACGGCAGTAAGGTGGGCTTCCAGATTCGATTCGAGAGAAGAAAAACACAGCACACGAACATCCTGTTCATCACGGAAGGCCTGTTACTTCGCCAACTTGCGGTTTCTTCT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004963:3206268-3206371 - | CCCACGAGCTGCTAGACGACTATGGTTCCAAAGTGGGTTTTCAGATACGCTTCGAGCGAAGTAAAACCCAACGAACCAACATTATTTTCATCACTGAGGGTCTC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droVir3 | scaffold_13042:1017530-1017632 - | CCCACGAGCTGCTCGATGATTATGGCAACAAGGTGGGATTTCAGATACGCTTCGAGCGCAACCGGACGCAAAATACGCACATCTTGTTCATCACGGAGGGCTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droMoj3 | scaffold_6328:3003611-3003713 - | CCCACGAGCTGCTGGACGACTATGGCAGCAAAGTGGGCTTCCAGATACGCTTCGAGCGGAACAGAACTCAGCACACGCATATTCTGTTCATTACTGAGGGCTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_15081:2138958-2139060 - | CGCACGAGCTACTGGATGACTATGGCAGCAAGGTGGGCTTCCAAATCCGCTTCGAGCGCAACAAGACGCAGAATACACACATTTTGTTCATAACGGAAGGATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droAna3 |
|
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Generated: 05/18/2015 at 02:10 AM