ID:dps_1265 |
Coordinate:3:17000444-17000594 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -9.6 | -9.5 | -9.4 |
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exon [dpse_GLEANR_13822:15]; CDS [Dpse\GA24138-cds]; intron [Dpse\GA24138-in]
No Repeatable elements found
| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## AGTTATCTTTAAGTGTCATACAAGTTCGATGCATTCGCACGAAAAGTTTCTTTTATTCAAGTAAGACCTTTGACGGAAACAGACTTAGAAAGATGGCCCTCCCCAGACCACCCAAATTTGGCGAACGCCGCATGATGTTACGTAGACAGCTGGTAGGTATACACATATACCAAAAGAATCCCCACATCCTGTTTTAAATAGTCAACAGAAACGCTGCCGGAAGCAAGTGGAGAGTTCAAACCCACGCCCAC **********************************************************************..(((..((((............((((..((.(((((.........))))).))..)))).....)))).)))************************************************************************************************************ |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M040 female body |
SRR902011 testis |
SRR902010 ovaries |
M062 head |
M059 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ............................................................................................................................ACGCCGCATGATGTTACGT............................................................................................................ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................TGACGGAAACAGACTTAGAAAGATGGC.......................................................................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................GACCTTTGACGGAAACAGACT...................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................ACGCTGCCGGAAGCAAGCGGAGAGTT............... | 26 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................GAACGCCGCATGATGTTAC.............................................................................................................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................ACCTTTGACGGAAACAGACTTAGAA................................................................................................................................................................. | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................AAGATGGCCCTCCCCAGACC.............................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................GAAACAGACTTAGAAAGAT............................................................................................................................................................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................GAACGCCGCATGATGTTACGTAGACAG...................................................................................................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................AGCAAGTGGAGAGTTCAAACCC........ | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................................................................................................TGCCGGAAGCAAGCGGAGAGT................ | 21 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................ACGCCGCATGATGTTACGTAGACAG...................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................ATTTGGCGAACGCCGCATGATGTTACGT............................................................................................................ | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................CGCATGATGTTACGTAGACAGCTGT.................................................................................................. | 25 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................CAAGTAAGACCTTTGACGGA.............................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................TAAGACCTTTGACGGAAAC........................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................GTAAGACCTTTGACGGAAACAGACT...................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................GACGGAAACAGACTTAGAAAGATGGC.......................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................GCCGCATGATGTTACGTAGAC........................................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................GACCACCCAAATTTGGCGAAC............................................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................TGACGGAAACAGACTTAGAAAGATGG........................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................GTAAGACCTTTGACGGAAA............................................................................................................................................................................ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................CTTTGACGGAAACAGACTT..................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................................................................GCCGGAAGCAAGCGGAGA.................. | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................GTAAGACCTTTGACGGAAACAGA........................................................................................................................................................................ | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................TTTAGACAAGTAAGACCTT..................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................CGCATGATGTTACGTAGACA....................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................AACAGACTTAGAAAGATG............................................................................................................................................................ | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................TGACGGAAACAGACTTAGAAA................................................................................................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................CAACAGAAACGCTGCCGGA.............................. | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................................................................................GTGGAGAGTTCGAACCTCC...... | 19 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...................................................................................................................AGTTGGCGAACGCGGCACG..................................................................................................................... | 19 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................CTTAGACAGCTAGGAGGT............................................................................................. | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................................................CTGCAGGAAGCAGGTGGGGA.................. | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................CGGAGTTTGAAAGATGGCC......................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
|
TCAATAGAAATTCACAGTATGTTCAAGCTACGTAAGCGTGCTTTTCAAAGAAAATAAGTTCATTCTGGAAACTGCCTTTGTCTGAATCTTTCTACCGGGAGGGGTCTGGTGGGTTTAAACCGCTTGCGGCGTACTACAATGCATCTGTCGACCATCCATATGTGTATATGGTTTTCTTAGGGGTGTAGGACAAAATTTATCAGTTGTCTTTGCGACGGCCTTCGTTCACCTCTCAAGTTTGGGTGCGGGTG
************************************************************************************************************..(((..((((............((((..((.(((((.........))))).))..)))).....)))).)))********************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M040 female body |
V112 male body |
M022 male body |
GSM444067 head |
SRR902011 testis |
SRR902012 CNS imaginal disc |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...............................................................................................................................................................................CTTAGGGGTGTAGGAAAG.......................................................... | 18 | 2 | 4 | 179.50 | 718 | 693 | 17 | 5 | 1 | 1 | 1 |
| ..............................................................................................................................................................................CCTTAGGGGTGTAGGAAA........................................................... | 18 | 2 | 10 | 89.00 | 890 | 869 | 9 | 10 | 2 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................TACCTTAGGGGTGTAGGAAA........................................................... | 20 | 3 | 12 | 4.25 | 51 | 50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................CCTTAGGGGTGTAGGAAAA.......................................................... | 19 | 2 | 1 | 4.00 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................TACCTTAGGGGTGTAGGA............................................................. | 18 | 2 | 3 | 2.67 | 8 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................TACCTTAGGGGTGTAGGAA............................................................ | 19 | 3 | 20 | 2.00 | 40 | 37 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................CCTTAGGGGTGTAGGACA........................................................... | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................GGTCTGGTGGGTTTAAACCGC................................................................................................................................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................GTGGGGTCTGGTGGGTTT....................................................................................................................................... | 18 | 1 | 2 | 1.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................CCTTAGGGGTGTAGGAAAAAT........................................................ | 21 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................TCCTTAGGGGTGTAGGAAA........................................................... | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................CTTAGGGGTGTAGGAAAAGGT....................................................... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................CCTTAGGGGTGTAGGAAAAG......................................................... | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................CCTTAGGGGTGTAGGAAAAT......................................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................................................TTACCTTAGGGGTGTAGGAA............................................................ | 20 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................................TAGGGGTGTAGGAAAGAGTT...................................................... | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................AACTTAGGGGTGTAGGAAA........................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................................................ACTTAGGGGTGTAGGAAAG.......................................................... | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| dp5 | 3:17000394-17000644 - | dps_1265 | AGTTATCTTTAAGTGTCATACAAGTTCGATGCATTCGCACGAAAAGTTTCTTTTATTCAAGTAAGACCTTTGACGGAAACAGACTTAGAAAGATGGCCCTCCCCAGACCACCCAAATTTGGCGAACGCCGCATGATGTTACGTAGACAGCTGGTAGGTATACACATATACCAAAAGAATCCCCACATCCTGTTTTAAATAGTCAACAGAAACGCTGCCGGAAGCAAGTGGAGAGTTCAAACCCACGCCCAC |
| droPer2 | scaffold_31:758819-759069 + | AGTTATCTTTGAGTGTCATACAAGTTCGATGCATTCGCACGAAAAGTTTCTTTTATTCAAGTAAGACCTTTGACGGAAACAGACTTAGAAAGATGGCCCTCCCCAGACCACCCAAATTTGGCGAACGCCGCATGATGTTACGTAGACAGCTGGTAGGTATACACATATACCAAAAGAATCCCCACATCCTGTTTTAAATAGTCAACAGAAACGCTGCCGGAAGCAAGTGGAGAGTTCAAACCCACGCCCAC | |
| droAna3 | scaffold_13266:18883812-18883821 + | C-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGGCCCAA | |
| droBip1 | scf7180000396710:493703-493712 - | C-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAAGCCCAC | |
| droEle1 | scf7180000491214:3254263-3254311 - | C----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATACCAATGATACCTCCAGTTAGTAAAGAGCCAGGGACTACGATTAC | |
| droTak1 | scf7180000415125:171930-171939 + | C-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCATCCAA | |
| dm3 | chr2R:1909610-1909624 - | C--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAACTCAAGCCCGC |
| Species | Read alignment | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| dp5 |
|
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| droPer2 |
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| droAna3 |
|
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| droBip1 |
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| droEle1 |
|
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| droTak1 |
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| dm3 |
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Generated: 05/18/2015 at 12:18 AM